Це команда andi, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних онлайн-робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн- емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
andi - оцінює еволюційну відстань
СИНТАКСИС
Andi [-jlv] [-b INT] [-p ПЛОС] [-m МОДЕЛЬ] [-t INT] ФАЙЛИ...
ОПИС
Andi оцінює еволюційну відстань між близькоспорідненими геномами. Для цього Andi
читає вхідні послідовності з ФАСТА файли та обчислює попарну відстань прив’язки. The
Ідея, що лежить в основі цього, пояснюється в статті Haubold et al. (Дивись нижче).
ВИХІД
Результатом є симетрична матриця відстані в ФІЛІП форматі, де кожен запис представляє
розбіжність з позитивним дійсним числом. Нульова відстань означає наявність двох послідовностей
ідентичні, тоді як інші значення є оцінками швидкості заміни нуклеотидів (Jukes-
Кантор виправив). З технічних причин порівняння може бути невдалим, і оцінка неможлива
обчислюється. У таких випадках бабуся друкується. Це або означає, що вхідні послідовності були
занадто короткі (<200 bp) або занадто різноманітні (K>0.5), щоб наш метод працював належним чином.
ВАРІАНТИ
-б, -- bootstrap
Обчислити кілька матриць відстані, з н-1 завантажено з першого разу. Див
стаття Klötzl & Haubold (2016, у рецензії) для детального пояснення.
-j, --приєднатися
Використовуйте цей режим, якщо кожен із ваших ФАСТА файли представляють одну збірку з численними
контиги. Andi потім розглядатиме всі послідовності, що містяться у файлі, як одну
геном. У цьому режимі принаймні одне ім’я файлу має бути надано через командний рядок
аргументи. Для виводу ім’я файлу використовується для ідентифікації кожної послідовності.
-l, -- низький рівень пам'яті
У багатопоточному режимі Andi вимагає лінійної пам'яті до кількості потоків. The
режим низького обсягу пам'яті змінює це на постійний запит незалежно від використовуваного номера
ниток. На жаль, це пов’язано зі значними витратами часу роботи.
-m, --модель
Підтримуються різні моделі еволюції нуклеотидів. За замовчуванням Jukes-Cantor
використовується корекція.
-p
Значення опорної пари; за замовчуванням: 0.05.
-t
Кількість ниток, які будуть використовуватися; за замовчуванням використовуються всі доступні процесори.
Багатопотоковість доступна, лише якщо Andi було скомпільовано з підтримкою OpenMP.
-v, -багатослівний
Друкує додаткову інформацію. Застосуйте кілька разів для додаткової докладності.
-h, --допомога
Друкує короткий опис і пояснення доступних опцій.
-- версія
Виводить інформацію про версію та підтвердження.
АВТОРСЬКЕ
Авторське право © 2014, 2015 Fabian Klötzl Ліцензія GPLv3+: GNU GPL версії 3 або новішої.
Це безкоштовне програмне забезпечення: ви можете змінювати та розповсюджувати його. ГАРАНТІЇ НЕМАЄ,
в межах, дозволених законом. Повний текст ліцензії доступний за адресою
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.
Автори
1) і: Haubold, B. Klötzl, F. and Pfaffelhuber, P. (2015). andi: швидко і точно
оцінка еволюційних відстаней між близькоспорідненими геномами
2) Алгоритми: Ohlebusch, E. (2013). Алгоритми біоінформатики. Аналіз послідовності, геном
Перегрупування та філогенетична реконструкція. стор. 118f.
3) Конструкція SA: Mori, Y. (2005). Короткий опис покращеного двоетапного суфікса
алгоритм сортування. http://homepage3.nifty.com/wpage/software/itssort.txt
Використовуйте andi онлайн за допомогою сервісів onworks.net
