Це команда anfo, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
anfo - знайти найкраще вирівнювання коротких читань до бази даних
СИНТАКСИС
анфо [ варіант | файл ... ]
ОПИС
анфо вирівнює (коротку) послідовність зчитувань до (розміру гігабази) бази даних. Він використовує евристику
метод посіву, але потім застосовує справжній вирівнювач, який допускає пропуски, розуміє пошкодження
візерунки в стародавній ДНК і створює легку для інтерпретації оцінку.
Вхідні файли можуть бути будь-якими файлами FastA або FastQ або нативними анфо двійковий файл,
за допомогою оптимального стиснення gziporbzip2. Формат файлу розпізнається автоматично та
можуть бути додані інші формати.
ВАРІАНТИ
-V, --версія
Роздрукуйте номер версії та вийдіть.
-o файл, --вивідний файл
Записати вихід до файл. файл буде написано рідною мовою анфо двійковий формат, який
можна експлуатувати за допомогою анфо-інструмент або прив’язки до хитрість.
-c конфігурація, --config конфігурація
Прочитати конфігурацію з conffile. Цей файл налаштовує, які індекси використовуються, і
за розширенням, до яких геномів виконується вирівнювання, які параметри використовувати в
вирівнювач і може встановлювати контури. Дивіться приклад файлу.
-p кількість, --threads кількість
Розпочати Num нитки для вирівнювання. Зазвичай один такий потік на ядро процесора
найкраще.
-x кількість, --ixthreads кількість
Розпочати Num теми для індексації. Індексування зазвичай використовує менше потужності процесора, ніж
вирівнювання, тому зазвичай найкраще менше індексаторів, ніж вирівнювачів.
--солекса-шкала
Під час читання файлів FastQ використовуйте шкалу Solexa (log-odds-ratios) замість
стандартна шкала Phread (імовірності). Якщо ви використовуєте секвенсори Solexa/Illumina,
зверніться до своєї документації, чи потрібно вам це. Інакше ні.
--fastq-origin ori
Установити джерело для декодування FastQ ори. Стандарт і за замовчуванням — 33, але він повинен
бути встановлено на 64 для деяких версій програмного забезпечення Solexa/Illumina. Якщо ви використовуєте
Секвенсори Solexa/Illumina, зверніться до своєї документації, якщо вам це потрібно.
Інакше ні.
-q, -- тихо
Придушити всі виведення, крім фатальних помилок.
-v, -- багатослівний
Роздрукуйте індикатор прогресу під час роботи.
НАВКОЛИШНЄ СЕРЕДОВИЩЕ
ANFO_PATH
Список каталогів, розділених двокрапками, для пошуку файлів генома та індексу.
Використовуйте anfo онлайн за допомогою сервісів onworks.net
