Це команда blastclust, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
blastclust - кластеризація з одним зв'язком на основі балів BLAST
СИНТАКСИС
вибуховий клас [-] [-C] [-L X] [-S X] [-W N] [-a N] [-b F] [-c ім'я файлу] [-d ім'я файлу] [-e F]
[-i ім'я файлу] [-l ім'я файлу] [-o ім'я файлу] [-p F] [-r ім'я файлу] [-s ім'я файлу]
[-v [ім'я файлу]]
ОПИС
вибуховий клас автоматично та систематично групує послідовності білків або ДНК на основі
попарні збіги, знайдені за допомогою алгоритму BLAST у випадку білків або Mega BLAST
Алгоритм для ДНК. В останньому випадку для всіх виконується єдиний пошук Mega BLAST
послідовності, об’єднані з базою даних, створеною з тих самих послідовностей. вибуховий клас знахідки
пари послідовностей, які мають статистично значущі збіги, і кластери їх, використовуючи
кластеризація з одним зв’язком.
ВАРІАНТИ
Нижче наведено короткий опис варіантів.
- Роздрукувати повідомлення про використання
-C Повна незавершена кластеризація
-L X Поріг покриття довжини (за замовчуванням = 0.9)
-S X Поріг охоплення оцінки (розрядна оцінка/довжина, якщо < 3.0, відсоток ідентичностей
інакше; за замовчуванням = 1.75)
-W N Використовуйте слова розміру N (довжина найкращої ідеальної відповідності; нуль викликає поведінку за замовчуванням: 3
для білків, 32 для нуклеотидів)
-a N Кількість використовуваних процесорів (за замовчуванням = 1)
-b F Не вимагають покриття обох сусідів
-c ім'я файлу
Прочитайте додаткові параметри з файлу конфігурації ім'я файлу
-d ім'я файлу
Введення як база даних
-e F Вимкнути розбір ідентифікаторів у форматуванні бази даних
-i ім'я файлу
Вхідний файл FASTA (програма відформатує базу даних і видалить файли в кінці;
за замовчуванням = stdin)
-l ім'я файлу
Обмежити рекластерізацію до списку ідентифікаторів в ім'я файлу
-o ім'я файлу
Вихідний файл для списку кластерів (за замовчуванням = stdout)
-p F Вхідними є нуклеотиди, а не білки.
-r ім'я файлу
Відновити сусідів для рекластеризації з ім'я файлу
-s ім'я файлу
Зберегти всіх сусідів до ім'я файлу
-v [ім'я файлу]
Друк докладних повідомлень про прогрес (до ім'я файлу)
Використовуйте blastclust онлайн за допомогою служб onworks.net
