Це команда bp_revtrans-motifp, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
bp_revtrans-motif - Зворотний переклад білкового мотиву, подібного до Profam
Версія
версія 0.01
СИНТАКСИС
З файлу:
bp_revtrans-motif.pl -i motivs.txt
Використання труб:
bp_revtrans-motif.pl < motivs.txt > output.txt
Інтерактивне використання в командному рядку:
$ bp_revtrans-motif.pl
MAAEEL[VIKP]
1. ATGGCNGCNGARGARYTNVHN
[^P]H(IW){2,3}
2. NDNCAY(ATHTGG){2,3}
ОПИС
Цей сценарій приймає білковий мотив як вхідні дані та повертає вироджений олігонуклеотид
відповідну йому послідовність. Основною причиною цього є виродження дизайну
праймери, які ампліфікують заданий шаблон послідовності.
Вхідний мотив складається з рядка залишків з однієї літери з будь-яким із наступних
синтаксичні елементи:
[...] : Надлишкове положення.
Позиція, в якій допускається більше одного залишку. приклад:
[TS]YW[RKSD]
^^ ^^^^
[^...] : Заперечна позиція.
Позиція, в якій допускається будь-який залишок, збережений для тих, що знаходяться між дужками. приклад:
[^PW]MK[LAE]
^^
(...){n,m,...} : Повторюваний мотив.
Мотив, який повторюється n or m разів. Він може мати будь-який з попередніх синтаксичних
елементів. приклад:
A[SN]C(TXX){2,4,8}
^ ^ ^
Дозволені літери – це ті, які відповідають 20 природним амінокислотам, а також:
B = N + D
Z = Q + E
X = всі
ВАРІАНТИ
-i вхідний файл:
Файл зі списком мотивів для зворотного перекладу.
-h
Відобразити це повідомлення довідки.
Використовуйте bp_revtrans-motifp онлайн за допомогою служб onworks.net