chem - онлайн в хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

chem - препроцесор groff для створення діаграм хімічної структури

СИНТАКСИС

chem [варіант ....] [--] [спец. файлу ....]

chem -h | --допомога

chem -v | -- версія

ВАРІАНТ ВИКОРИСТАННЯ

Інших варіантів, крім -h, --допомога, -v та -- версія; ці варіанти провокують
друк версії або інформації про використання, відповідно, і все спец. файлу аргументи є
ігнорується. А спец. файлу Аргумент - це ім'я існуючого файлу або мінус
характер -, що означає стандартний вхід. Якщо аргумент не вказано, то буде стандартний вхід
прийнято автоматично.

ОПИС

chem складає схеми хімічної будови. Сьогоднішня версія найкраще підходить для органіки
хімія (зв'язки, кільця). The chem програма - це а groff як препроцесор екв, біт, табл,
тощо. Він породжує біт вихід такий, що все chem частини переведені на схеми
біт мова.

Програма chem походить із вихідного файлу Perl chem.pl. Це розповідає біт включити
копію файлу макросу хім.пік. Крім того, groff вихідний файл pic.tmac завантажується.

У стилі, що нагадує екв та біт, chem схеми записуються в спец
мова.

Набір chem лінії виглядає так

.cstart
chem дані
.cend

Рядки, що містять ключові слова .cstart та .cend почати та завершити введення для chem,
відповідно. в біт контексту, тобто після виклику . PS, chem введення за бажанням може бути
розпочато з лінії починати chem і закінчується рядком з одним словом кінець замість цього.

Все за межами цих рядків ініціалізації копіюється без змін; всі
дані між рядками ініціалізації перетворюються в біт команди для малювання діаграми.

Як приклад,

.cstart
CH3
облігація
CH3
.cend

друкує два CH3 групи, що мають зв’язок між ними.

Щоб побачити це насправді, ви повинні запустити chem подальшою грофер:

chem [файл ....] | грофер

Якщо ви хочете створити просто groff вихід, ви повинні запустити chem подальшою groff з
варіант -p для активації біт:

chem [файл ....] | groff -p ....

THE МОВА

Команда chem мова введення досить мала. Він передбачає кільця кількох стилів і спосіб
склеюйте їх разом за бажанням, зв’язки кількох стилів, фрагментів (наприклад, C, NH3, .... і
струни.

Установка Змінні
Є деякі змінні, які можна встановити за допомогою команд. Такі команди мають дві можливі
форми теж

змінна значення

or

змінна = значення

Це встановлює дане змінна до аргументу значення. Якщо наведено більше аргументів, тільки
береться останній аргумент, всі інші аргументи ігноруються.

Є лише кілька змінних, які можна встановити за допомогою цих команд:

текст аргумент
Установіть висоту тексту на аргумент; за замовчуванням 0.16.

cwid аргумент
Встановіть ширину символу на аргумент; за замовчуванням 0.12.

db аргумент Установіть довжину зв’язку на аргумент; за замовчуванням 0.2.

розмір аргумент
Збільште масштаб діаграми, щоб вона виглядала правдоподібною за розміром точки аргумент; за замовчуванням 10 балів.

Bonds
це

облігація [напрям] [ n] [від ІМ'Я|малюнки]

малює одинарний зв’язок у напрямку від найближчого кута ІМ'Я. облігація також може бути подвійний
облігація, перед облігація, назад облігаціятощо (Ми повернемося до ІМ'Я скоро.)

напрям – це кут у градусах (0 вгору, плюс за годинниковою стрілкою) або слово про напрямок up,
вниз, sw (= південний захід) і т. д. Якщо напрямок не вказано, зв'язок переходить у течію
напрямок (зазвичай останнього зв’язку).

Зазвичай зв'язок починається з останнього розміщеного об'єкта; це можна змінити, назвавши a від
місце. Наприклад, щоб створити простий алкільний ланцюг:

CH3
облігація (це йде прямо з CH3)
C (на правому кінці зв'язку)
подвійний облігація up (з С)
O (в кінці подвійного зв'язку)
облігація право від C
CH3

Можна вказати довжину в дюймах, щоб замінити довжину за замовчуванням. Інший біт Команди
можна прикріпити до кінця команди зв’язку, до створення пунктирних або пунктирних зв’язків або до
вкажіть a до місце.

кільця
Кілець багато, але тільки 5- і 6-сторонні кільця мають велику підтримку. каблучка сам по собі є
6-гранне кільце; бензол — бензольне кільце з колом всередині. ароматичний ставить коло
в будь-який вид кільця.

каблучка [вказуючи (up|право|залишити|вниз)] [ароматичний] [put Мовляв at n] [подвійний i,j k,l ....
[малюнки]

Вершини кільця пронумеровані 1, 2, .... від вершини, яка вказує на натуральне
напрямок по компасу. Отже, для шестикутного кільця з точкою вгорі, верхня вершина
дорівнює 1, а якщо кільце має точку на східній стороні, то це вершина 1. Це виражається
as

R1: каблучка вказуючи up
R2: каблучка вказуючи право

Вершини кільця називаються .V1, ...., .Vn, С .V1 у вказівному напрямку. Отже,
кути R1 він має R1.V1 ( топ), R1.V2, R1.V3, R1.V4 ( нижній) тощо, тоді як для R2,
R2.V1 є крайньою правою вершиною і R2.V4 крайній лівий. Ці назви вершин використовуються для
з'єднувальні зв'язки або інші кільця. Наприклад,

R1: бензол вказуючи право
R2: бензол вказуючи право з .V6 at R1.V2

створює два бензольні кільця, з’єднані вздовж сторони.

Внутрішні подвійні зв'язки зазначаються як подвійний n1,n2 n3,n4 ....; кожна пара чисел додає an
внутрішній зв'язок. Таким чином, альтернативна форма бензольного кільця

каблучка подвійний 1,2 3,4 5,6

Гетероцикли (кільця з чимось іншим, ніж вуглець у вершині) записуються як
put X at V, як в

R: каблучка put N at 1 put O at 2

У цьому гетероциклі, RN та RO стають синонімами до R.V1 та R.V2.

Є два 5-гранних кільця. ring5 є п’ятикутною зі стороною, що відповідає 6-сторонній
каблучка; має чотири природні напрямки. А уплощування являє собою 5-гранне кільце, створене шляхом рубання
один кут 6-стороннього кільця, щоб він точно збігався з 6-стороннім кільцем.

Опис кільця має поміститися в один рядок.

Частини та Рядки
Фрагмент — це рядок символів, які починаються з великої літери, наприклад N(C2H5)2.
Числа перетворюються на індекси (якщо вони не здаються дробовими значеннями, як у
N2.5H). Ім'я фрагмента визначається з фрагмента після спеціальних символів
було вилучено: наприклад, N(C2H5)2) має назву NC2H52.

Фрагменти можуть бути двох типів. Зазвичай фрагмент розміщується відразу після останнього
згадана річ, розділена крапкою з комою, оточена пробілами, наприклад,

B1: облігація ; OH

Ось і частина OH; він встановлюється після облігації.

Як другий вид фрагмент можна позиціонувати як перше слово в a біт- як команда,
наприклад,

CH3 at C + (0.5,0.5)

Ось і частина CH3. Він розміщується в положенні відносно C, фрагмент, який використовувався раніше
в хімічній структурі.

Отже, назви фрагментів можна вказати як chem позиції скрізь у chem код. Внизу
їх друковані фрагменти — це назви місць.

Частина BP є особливим. Він не друкується, а служить лише знаком, на який потрібно посилатися
пізніше chem команди. Наприклад,

облігація ; BP

встановлює позначку в кінці зв’язку. Потім це можна використовувати для визначення місця. The
ім'я BP походить від філія точка (тобто перетин лінії).

Рядок у подвійних лапках " трактується як частина a chem команда. Він представляє
рядок, який слід надрукувати (без лапок). Текст у лапках «...» є
розглядається більш-менш як фрагмент, за винятком того, що до цитованої частини не вносяться зміни.

імен
Зверніть увагу на алкільний ланцюг вище, що атом Карбону C використовувався як для малювання чогось
і як назва місця. Частина завжди визначає назву місця; ви можете використовувати
натомість ваші власні імена для місць, і, справді, для кілець вам доведеться. Ім'я просто

ІМ'Я: ....

ІМ'Я часто це назва фрагмента, як CH3, але це не повинно бути. Будь-яка назва, що починається
з великої літери, яка містить лише літери та цифри, дійсна:

Перший: облігація
облігація 30 від Перший

Різне
Специфічна конструкція

облігація .... ; фрагмент

еквівалентна

облігація
фрагмент

В іншому випадку кожен елемент має бути в окремому рядку (і тільки в одному рядку). Зверніть увагу, що там
після крапки з комою, яка розділяє команди, має бути пробіл.

Персонаж періоду . або одинарну цитату ' у першому стовпці рядка сигналізує a троф
команду, яка копіюється як є.

Рядок, першим непустим символом є хеш (#) розглядається як коментар і
таким чином ігнорується. Однак хеш-символи в слові зберігаються.

Рядок, перше слово якого біт копіюється як є після слова біт було
вилучено

Команда

розмір n

масштабує діаграму, щоб вона виглядала правдоподібною за розміром точки n (за замовчуванням 10 балів).

Припускається що-небудь інше біт код, який копіюється наскрізь з міткою.

З chem це біт препроцесор, можна включити біт висловлювання в середині
діаграми для малювання речей, не передбачених chem себе. Такий біт заяви повинні
бути включеним до chem код шляхом додавання біт як перше слово цього рядка для наочності.

Наступні біт команди приймаються як chem команди, тому ні біт командне слово є
необхідні:

визначати Почніть визначення біт макрос всередині chem.

[ Запустіть композит блоків.

] Завершіть композит блоку.

{ Запустіть блок визначення макросу.

} Завершіть блок визначення макросу.

Назви макросу з визначати оператори зберігаються, а їх виклик приймається як a chem
команда також.

WISH СПИСОК
Цей список TODO зібрав Браян Керніган.

Перевірка помилок мінімальна; помилки зазвичай виявляють і повідомляють у косому вигляді
by біт.

Немає механізму включення бібліотеки чи файлів, а також немає скорочення повторюваності
структури.

Механізм розширення полягає в створенні біт макроси, але їх складно отримати правильно і
не мають усіх властивостей вбудованих об’єктів.

Поки що немає вбудованої хімії (наприклад, аналогічної конструкції $....$ eqn).

Немає способу контролювати точку входу для облігацій на групи. Зазвичай зв’язок з’єднується з
атом вуглецю, якщо входить зверху або знизу, а в іншому випадку – до найближчого кута.

Зв'язки із заміщених атомів на гетероциклах не з'єднуються в належному місці без них
додавши трохи біт.

Немає пристойного примітиву для дужок.

Текст (рядки в лапках) працює не дуже добре.

Потрібна завивка.

Використовуйте chem онлайн за допомогою служб onworks.net