chemtool - Інтернет у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

chemtool - редактор хімічних структур

СИНТАКСИС

хімічний інструмент [ім'я файлу]

ОПИС

хімічний інструмент це програма для малювання органічних молекул та експорту їх у вигляді X растрового зображення, PNG,
Файл PicTeX, Xfig, SVG, SXD, MDL або EPS. Він працює під системою X Window за допомогою GTK
набір віджетів.

Програма пропонує, по суті, необмежену кількість скасувань/повторів, два текстових шрифти плюс символи, сім
кольори, малювання з кількома масштабами масштабування та квадратні та шестикутні сітки фону для спрощення
вирівнювання.

ПРИКЛАДИ

У всіх режимах малювання та редагування використовується одна кнопка миші (зазвичай ліва).
позначте або намалюйте об’єкти, тоді як третю кнопку (права кнопка) можна використовувати для видалення об’єктів
поточного типу. Середня кнопка в основному використовується в режимах малювання облігацій, де вона
дозволяє швидко змінювати типи зв'язків. Починаючи з версії 1.5, сховище за замовчуванням
каталог для файлів даних і розширення імені файлу, яке потрібно використовувати, можна зберегти за допомогою a
діалогове вікно налаштування.

креслення of облігації:
Зв’язки можна намалювати під 4 різними кутами (шестикутник з інтервалами 30°, два
п'ятикутники з інтервалами 72° (різна орієнтація) і 45° i восьмикутник). (середній
кути також можливі в усіх цих режимах - просто ігноруйте точки маркера в цьому
випадок).

Вибір стилю зв’язку в центрі панелі кнопок визначає тип зв’язку
намальована - спочатку це одинарний зв'язок. Якщо ви хочете пізніше змінити тип облігації,
або клацніть на ньому середньою кнопкою миші, щоб перейти до наступного типу(ів), або
виберіть відповідний тип у виборі, а потім перейдіть у режим типу зв’язку та виберіть усі
облігації, які ви хочете змінити на новий тип. (Колір, який використовується для зв’язку
оновлюється одночасно, якщо необхідно.) Натискання середньої кнопки миші на зв’язку під час входу
Режим "Тип зв'язку" змінює напрямок цього зв'язку.

Використання третьої (зазвичай правої) кнопки миші видаляє зв’язок поруч із курсором
положення.

Доступні типи облігацій:

· одинарний зв'язок

· подвійний зв'язок

· подвійний зв'язок (коротша лінія з іншого боку)

· центрований подвійний зв'язок

· потрійний зв'язок (фланкові лінії коротші за центральні)

· потрійний зв'язок (з однаковими довжинами рядків)

· чотирикратний зв'язок

· клиноподібний зв’язок

· штриховий клиноподібний зв’язок

· хвиляста лінія

· напівстрілка

· звичайна стрілка

· широкий зв'язок

· коло

· пунктирна лінія

· одинарний зв'язок, що перекривається (який відрізає сегмент від будь-якого зв'язку, який він перетинає)

· світла пі орбітальна частка

· темна пі орбітальна частка

Напівавтомат малювання of кільця:
Кільця від 3 до 12 членів можна легко намалювати, утримуючи клавішу Ctrl під час малювання a
лінія. Тоді ця лінія стане першим сегментом кільця, який буде намальовано автоматично
за годинниковою стрілкою. Розмір кільця за замовчуванням відповідає вибраному
режим малювання (тобто 5, 6 або 8 сторін), але його можна встановити для кожного кільця, натиснувши
Ctrl- перед малюванням кільця, де числа 3-9 відповідають 3-9-членним
кільця, а від 0 до 2 вибирають 10, 11 та 12-членні кільця відповідно.

Щойно намальовані кільця можна видалити, одночасно натиснувши Ctrl і кнопку миші 3.

креслення of вигнутий рядки:
Вигнуті лінії для таких об’єктів, як стрілки або орбітальні часточки, можна намалювати в режимі сплайнової кривої за допомогою
вказуючи чотири контрольні точки, які утворюють обмежуючий багатокутник (початкова точка, дві точки на
будь-яка сторона піку, кінцева точка). Зі звичайних типів зв’язків, доступних у меню Стиль,
«одна лінія», «напівстрілка», стрілка та «пунктирна лінія» зберігають свою звичайну функцію, тоді як
тип «широка лінія» використовується для позначення заповненого багатокутника. Контрольні точки є лише
видно в Рухатися режим, де їх можна перетягувати, щоб змінити форму кривої
це намальовано.

Установка облігація стиль
У режимі стилю зв’язку клацання будь-якої зв’язку на діаграмі змінює її відображення на
тип, вибраний у спадному меню поруч із тип кнопки.

Додатковий тип облігації, доступний у спадному меню,

вигнута стрілка

доступний лише для малювання. Насправді це ярлик для одного з креслень кривої
функції, описані вище, з другою та третьою контрольними точками автоматично
згенеровано. Таким чином, він не може бути конвертований в або з будь-якого із звичайних типів облігацій.

(Однак можна перетворити його на будь-який з інших типів кривих, наприклад, щоб змінити тип
наконечник стріли). Форму стрілки, як правило, потрібно відрегулювати, пересуваючи
контрольна точка, яка з’являється поруч із нею в режимі «Переміщення».

Вставлення текст
Текст, вписаний у текстове поле, можна розташувати за допомогою курсору та з’явитися ліворуч,
посередині або по правому краю на кресленні. Розмір і колір тексту можна вибрати з фіксованого
список варіантів. Існують два спеціальні символи, які використовуються для підрядкових і верхніх індексів
наступний символ:

'^' для зсуву вгору (наприклад, N^+)

'_' для переміщення вниз (наприклад, CH_3)

Керуючий символ '|' використовується для виділення курсивом наступного символу, як у |t-Bu.

Жирний тип шрифту, який зазвичай використовується для нумерації сполук, можна вибрати, передаючи
символ із '#'.

Спеціальний символ «@» перемикається в режим символів, у якому використовується стандартний символ X11
шрифт. Усі алфавітні клавіші створюють відповідні грецькі символи в цьому режимі та
кілька інших символів доступні, якщо їх стандартні еквіваленти Latin1 вже є
відображено на клавіатурі:

єна -> нескінченність

дефіс -> верхівка

макрон -> стрілка вниз

Символи «плюсмінус» і «зареєстрований» (торгова марка) вже є стандартним шрифтом,
хоча зазвичай вони недоступні на клавіатурі. Використовуйте наступні команди (або
додайте декларації до свого .xmodmaprc ), щоб зробити їх доступними через +
( + ):

xmodmap -e 'keysym r = r R зареєстрований' \
-e 'keysym o = o O yen' \
-e 'keysym p = p P плюс мінус' \
-e 'keysym u = u U дефіс' \
-e 'keysym d = d D макрон'

(це призводить до AltGr-P = плюс мінус, AltGr-R = зареєстрований у звичайному режимі та AltGr-O =
нескінченність, AltGr-U = стрілка вгору, AltGr-D = стрілка вниз у шрифті символу).

Для діаграм «крапки та хрестики» наведені нижче зіставлення зі шрифтом символу можуть бути
корисно: гостра точка -> хрест (наприклад, keysym x = x X acute) середня точка -> заповнена точка (наприклад, keysym
d = d D з центром періоду) (використовуючи знак ступеня для відкритої точки).

Обведені кружком версії знаків плюс і мінус для позначення іонного заряду доступні як @+
і @- .

Якщо ви хочете використовувати символи як підрядковий або верхній індекс, розмістіть підрядковий або верхній індекс
символ перед символом '@', наприклад K_@a .

У текстовому режимі права кнопка миші видаляє мітку в положенні курсору. Змінюється
розмір, шрифт або колір етикетки можна визначити, клацнувши на ній лівою кнопкою миші після вибору
бажана комбінація налаштувань. Коли поле введення тексту над зоною малювання пусте,
лише налаштування оновлюються без зміни вмісту етикетки, інакше
текст етикетки також замінено. Якщо ви хочете скопіювати текст наявної мітки до
текстове поле, клацніть по ньому середньою кнопкою миші.

Маркування ярлики
У всіх режимах малювання зв’язків доступні кілька комбінацій клавіш для додавання символів атома
без виходу з режиму малювання. Мітка розміщується в поточній позиції креслення
(кінцева точка останньої намальованої лінії або місце, на якому востаннє клацнули).

Клавіші "c", "h", "n", "o", "s", "p" і "r" вставляють відповідну велику літеру "l"
(нижній регістр L) вставляє 'Cl', а '1', '2', '3' вставляє CH,CH_2 і CH_3 відповідно. The
Клавіша зірочки (*) вставляє заповнене коло.

Одноразове натискання клавіші пробілу дозволяє ввести довільні мітки, які будуть розміщені
поточне положення при натисканні клавіші Return.

креслення електрон пар
Клавіші цифрової клавіатури можна використовувати для малювання коротких ліній «електронної пари» поруч із an
символ елемента - якщо уявити, що символ елемента знаходиться на центральній клавіші '5',
кожен ключ малює відповідну електронну пару для свого положення. При використанні разом з
Клавіша Shift, замість лінії малюються дві крапки - просто видаліть одну з точок знову, якщо
вам потрібна непарна кількість електронів.

нумерація атомів
Для швидкої нумерації атомів у молекулі перейдіть в один із текстових режимів і утримуйте
клавішу Control і виберіть кожен атом послідовно лівою кнопкою миші. Нумерація
починається з 1, і послідовність можна скинути в будь-який момент, клацнувши правою кнопкою миші.
Якщо вам потрібно використовувати власну схему нумерації, натисніть середню кнопку (при цьому
утримуючи натиснутою клавішу Control), він підбирає будь-який номер у полі введення тексту.

Центрувальний
Якщо місця для вашої молекули недостатньо, ви можете помістити її в середину аркуша
за допомогою центральної кнопки.

Експорт до іноземні формати:
Ви можете експортувати свої молекули як растрове зображення X, зображення PNG або EMF, інкапсульований
файл postscript, вхідний файл для Брайана Сміта' xрис(1) програма, версія MDL. 2000 molfile
для обміну даними з комерційними пакетами, файлом SVG для веб-сторінок XHTML або в
Формат PicTeX для прямого включення в документи LaTeX. PicTeX, PNG, EMF і
Функції виводу Postscript покладаються на fig2dev81) програма з трансфіг(1) пакет
і доступні лише тоді, коли ця програма була виявлена ​​під час запуску. Якщо fig2sxd(1)
встановлена ​​програма, доступна додаткова опція експорту для формату OpenOffice SXD.
Аналогічно, якщо встановлено (відкриту) програму babel, надає додаткове меню Експорт
стає доступним доступ до всіх типів файлів, які підтримує цей інструмент.

Ви можете створювати виходи різних розмірів відповідно до поточної шкали масштабування.
Файли PostScript і PicTeX також можна створювати в довільних масштабах, які можна вибрати на
меню експорту файлу.

Опцію в меню конфігурації можна встановити на виклик fig2dev міжнародною мовою
режим, який автоматично відображатиме будь-який текст, написаний альтернативним шрифтом (Times).
шрифт постскриптума, що відповідає поточній мові (зараз хорватська, кирилиця,
чеська, угорська, японська, корейська, польська). Див fig2dev документація для деталей.

Щоб включити PicTeX-файл у ваш документ LaTeX, вам знадобиться пакет макросів pictex.
Залежно від версій, які ви використовуєте, вам також може знадобитися завантажити пакет "color" у файл
преамбула вашого файлу LaTeX. Якщо у вас з’являється повідомлення про помилку "ТеХ перевищено",
збільшити параметр extra_mem_bot у вашому texmf.cnf файл (зазвичай у
/usr/share/texmf/web2c, /usr/local/texmf or /etc/texmf). Pictex відомий своєю незвичайністю
(за стандартами tex) вимоги до пам'яті, а стандартні налаштування не враховують цього
(хоча ви можете знайти коментар «змінити це, якщо ви використовуєте pictex» у texmf.cnf
файл). Щось на кшталт extra_mem_bot=400000 не повинно зашкодити жодному помірно сучасному
системи.

друк Креслення
Починаючи з версії 1.5, прямий друк діаграм на пристрій друку з підтримкою Postscript (або
більш типово можлива черга друку, що запускає ghostscript). Розмір паперу,
збільшення, ім’я принтера та використовувана команда друку (наразі також lp(1) LPR(1)
or kprinter(1)) можна зберегти в діалоговому вікні конфігурації.

вибирає всі or частини of a малювання та цінності трансформації:
За допомогою кнопки «Позначити» ви можете легко виділити частини поточного креслення, об’єднавши
їх із прямокутником із «гумкою».

Якщо вам потрібно додати атоми за межі прямокутної області до вибору, просто намалюйте
ще одну гумку навколо них, утримуючи клавішу Ctrl.

Вибрані частини будуть виділені синім кольором і відразу ж доступні для них

переміщення просто перетягніть фрагмент у потрібне положення за допомогою миші, утримуючи
опустити ліву кнопку миші. (Якщо вам потрібно лише перемістити окремі атоми або
облігацій, ви можете просто вибрати та перетягнути їх у режимі «Перемістити», не позначаючи
їх першими).

обертається горизонтальне переміщення миші означає плавне обертання навколо
точка опори, вибрана при натисканні кнопки миші

гортаючи (дзеркальне) фрагмент про горизонтальну або вертикальну дзеркальну площину наскрізь
його центр: це виконується натисканням відповідної кнопки меню

копіювання натискання кнопки меню «Копіювати» створює точну копію вибраного
фрагмент трохи зміщений до оригіналу. Відмітка автоматично
перенесено на новий примірник.

масштабування горизонтальне переміщення миші перетворюється на плавне збільшення або зменшення
розмір маркованого фрагмента

видалення щоб видалити позначений фрагмент, просто клацніть третій (зазвичай правий)
кнопку миші після виділення.

обрамлення вибір одного зі значків зі спадного списку стилів рамки та дужки
малює відповідний об’єкт, наприклад, пару круглих дужок, навколо
виділений фрагмент.

оптимізуючий натискання на символ «відро та мітла» викликає функцію, яка видаляє
перекриття (дублювання) зв'язків і міток з креслення і випрямлення
майже горизонтальні або вертикальні лінії.

Додавання раніше зберігаються цифри:
Щоб додати ще одну молекулу з попередньо збереженого креслення chemtool, виберіть її у файлі
вікно вибору, яке з’являється після натискання кнопки «Додати». Один клік на будь-якому
filename у списку відображає невеликий попередній перегляд молекули, щоб допомогти у виборі. The
щойно додана молекула автоматично стає активною, щоб її можна було перемістити як
бажаний.

Якщо ви хочете додати його до попередньо визначеної позиції на іншій молекулі, ви можете позначити це
сайт вкладення, клацнувши лівою кнопкою миші замість прямокутника маркера. Невеликої
зелена крапка з’явиться в тому місці, яке зараз є опорним положенням для нової частини. Якщо ви збережете
молекул з таким набором маркерів, він, у свою чергу, визначатиме їх місце прикріплення, коли вони
додаються до іншого креслення.

Додавання один of заздалегідь визначений шаблони:
Вибір «Шаблони» з меню «Інструменти» відкриває друге вікно з невеликою колекцією
попередньо визначених структур. Просто натисніть на зображення потрібної молекули, щоб додати її
твій малюнок. Вікно шаблону може залишатися відкритим протягом сеансу chemtool - якщо воно
прихований іншим вікном, ви можете перемістити його на передній план, вибравши меню «Шаблон».
знову в Chemtool.

Дані в системі шаблонів відрізняються від звичайних креслень chemtool лише тим, що
вони зберігаються в програмі в дещо незручному форматі (координати x і y
зазначені окремо у вихідному файлі templates.h). Вони призначені для забезпечення а
зручний базовий набір, доступний для всіх користувачів, але не розширюваний окремо (можна використовувати
функція «Додати» для ваших власних структур). Будь ласка, повідомте нам, якщо ви хочете конкретно
молекули, додані до шаблонів - їх назва або в ідеалі звичайний файл креслення chemtool
це все, що нам потрібно. (надішліть електронний лист на адресу [захищено електронною поштою])

Імпортуючий іноземні файл формати:
Chemtool надає функції для імпорту файлів у форматі PDB, який використовується Protein
База даних (і більшістю пакетів молекулярного моделювання) і власний формат MDL molfile
використовується ISISdraw і розуміється іншими пакетами малювання структур і базою даних
фронтенди.

Оскільки обидва є форматами 3D-файлів, тоді як chemtool обробляє лише 2D-проекції, імпортовані
молекули спочатку зчитуються в тимчасове сховище і відображаються синім кольором на полотні.
Потім це 3D-подання можна повертати за допомогою миші. Тільки після натискання кнопки Return
клавіша на клавіатурі перетворюється на остаточну 2D-проекцію, яку можна редагувати. Хоча
виконується такий 3D імпорт, усі звичайні функції малювання та редагування вимкнені.

При імпорті MDL molfile мітки атома вуглецю автоматично відкидаються. Для PDB
імпорту, кількість маркування можна вибрати в діалоговому вікні вибору файлу, яке пропонує
збереження або всіх міток, лише тих, що не належать до атомів водню, або лише нечислових
частина етикеток.

Якщо встановлена ​​програма babel - або оригінальна версія, написана Петом Уолтерсом, або
пізніша спроба OpenBabel - chemtool автоматично запропонує опцію меню для
імпортування з будь-якого з підтримуваних форматів файлів.

визначення сума формула та молекулярний вага:
Дистрибутив містить допоміжну програму, CHT(1), Радек Лібоська (Прага) для обчислення
формула суми та (точна) молекулярна маса з файлу креслення chemtool. Це також
доступний з chemtool для обчислення цих даних для поточної структури або a
позначений його фрагмент. CHT можна ввести в оману повторюваними зв’язками (chemtool не видаляє
перекриваються зв’язки, наприклад, вони можуть виникнути внаслідок з’єднання кільцевих систем, автоматично) та
символом «ароматичне кільце», тому вам слід уникати їх і перевірити правдоподібність
створена формула суми, де це можливо.

креслення Функції НЕ доступний в Chemtool:
Для функцій, які зараз не підтримуються chemtool, як-от загальні функції малювання ліній,
отримати пакет малюнків Брайана Сміта XFig xрис настійно рекомендується. Про єдиний
те, чого він не пропонує, так це підтримки "хімічних" типів ліній і кутів малювання - що є
чому chemtool був написаний як свого роду супутня програма. (Ймовірно, буде більше
найбільш необхідні параметри малювання, додані до chemtool з часом, але дублюючи їх
більш загального призначення xрис здається безглуздим.)

Використовуйте chemtool онлайн за допомогою служб onworks.net