Це командний дельта-фільтр, який можна запустити у безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks за допомогою однієї з наших безкоштовних онлайн-робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
delta-filter - читає файл дельта-вирівнювання з nucmer або promer і фільтрує
вирівнювання
СИНТАКСИС
дельта-фільтр [параметри]
ОПИС
-1 Вирівнювання 1 до 1 з можливістю перегрупування (перетин -r та -q вирівнювання)
-g Глобальне вирівнювання 1 до 1 не допускає перегруповування
-h Відобразити довідкову інформацію
-i плавати
Встановіть мінімальний ідентифікатор вирівнювання [0, 100], за замовчуванням 0
-l int Встановити мінімальну довжину вирівнювання, за умовчанням 0
-m Вирівнювання багато-до-багатьох, що дозволяє перегруповувати (об’єднання -r та -q вирівнювання)
-q Зіставляє кожну позицію кожного запиту з його найкращим результатом у посиланні, враховуючи
збіги посилань
-r Зіставляє кожну позицію кожного посилання на її найкращий результат у запиті, враховуючи
перекриття запитів
-u float Встановити мінімальну унікальність вирівнювання, тобто відсоток
вирівнювання, відповідне унікальному посиланню І послідовності запиту [0, 100], за замовчуванням 0
-o плавати
Встановіть максимальне перекриття вирівнювання для -r та -q варіанти у відсотках від
довжина вирівнювання [0, 100], за замовчуванням 100
-v Надрукуйте відхилені вирівнювання замість тих, які пройшли фільтри
-b Дублювання карт (XOR of -r та -q вирівнювання, одне або інше, але не обидва)
Читає файл дельта-вирівнювання з nucmer або promer і фільтрує вирівнювання на основі
на перемикачах командного рядка, залишаючи лише бажані вирівнювання, які виводяться в
stdout у тому самому дельта-форматі, що й вхід. Для кількох перемикачів порядок операцій
полягає в наступному: -i -l -u -q -r -g -m -1 -b. Якщо вирівнювання виключено попереднім
операція, вона буде проігнорована наступними операціями.
Важлива відмінність між -g варіант і -1 та -m варіанти є що -g
вимагає, щоб вирівнювання були взаємно узгодженими у своєму порядку, тоді як -1 та -m
варіанти не повинні бути взаємоузгодженими і, отже, допускати транслокації,
інверсії і т. д. У загальних випадках в -m однак варіант є найкращим вибором -1 може бути
зручний для таких програм, як пошук SNP, які вимагають відображення 1-до-1. Нарешті, для
зіставлення контигів запиту або зчитування послідовності до еталонного геному, використовуйте -q,
дублікати, надруковані з -b варіант є -r та -q вирівнювання, яких немає в
вирівнювання 1 до 1. Ці вирівнювання також є різницею між -1 та -m
вирівнювання
Використовуйте дельта-фільтр онлайн за допомогою сервісів onworks.net
