Це команда deepOfPolishes, яку можна запустити в безкоштовному хостинг-провайдері OnWorks за допомогою однієї з наших безкоштовних онлайн-робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
sim4dbutils - утиліти для роботи з файлами вирівнювання, створеними sim4db
convertPolishes - конвертувати між форматами sim4db і GFF3
filterPolishes – вирівнювання фільтрів на основі ідентичності послідовності, покриття та довжини.
mergePolishes - об'єднати вирівнювання з кількох файлів
sortPolishes - сортування вирівнювань за кДНК або індексом геномної послідовності або назвою послідовності
convertToExtent - Перетворення формату sim4db у формат з роздільниками табуляції
fixPolishesIID - Оновлює файл sim4db для використання індексу послідовності певного файлу fasta.
Також можна використовувати для вилучення підмножини вирівнювань із файлу sim4db.
deepOfPolishes – виводить розділену табуляцією гістограму глибини полірування при різних
розміри вікон.
headPolishes - друкувати перші N вирівнювань у файлі, подібно до голова(1)
pickBestPolish - повідомляйте лише про «найкраще» вирівнювання для кожної кДНК
pickUniquePolish - повідомляє про вирівнювання, для яких є чітке єдине найкраще вирівнювання
кожна кДНК.
plotCoverageVsIdentity - генерує (1) гістограму відсотка ідентичності, (2)
гістограму відсотка покриття та (3) список ідентичності у відсотках та охоплення (для
використовувати в точковій діаграмі).
uniqPolishes - відфільтровує всі вирівнювання для кДНК за допомогою кількох вирівнювань (-uniq) або
з єдиним вирівнюванням (-dupl). Схожий на унікальний(1)
realignPolishes - перерахувати вирівнювання, перераховані у файлі sim4db.
reportAlignmentDifferences - створює гістограму типів помилок у наборі
вирівнювання Не підтримується та Застаріле
comparePolishes - співвіднести вирівнювання в двох файлах.
convertToAtac - перетворює формат sim4db у формат ATAC.
detectChimera - перевіряє вирівнювання на наявність послідовностей, які можуть бути химерними.
mappedCoverage - повідомляє про кількість послідовності запиту (EST, кДНК), яку охоплює
вирівнювання.
parseSNP - Аналізує вирівнювання для SNP.
removeDuplicate - шукає у вхідних даних повторювані вирівнювання.
vennPolishes - генерує діаграму Венна для кількох файлів sim4db. Використаний внутрішньо by
ESTMapper чисті поліролі
резюмувати польські
ОПИС
Ці програми представляють собою ряд утиліт для роботи sim4db(1)-генеровані файли вирівнювання.
Використовуйте deepOfPolishes онлайн за допомогою сервісів onworks.net
