Це команда digeste, яку можна запустити в безкоштовному хостинг-провайдері OnWorks за допомогою однієї з наших безкоштовних онлайн-робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
digest - Звіти про сайти розщеплення білків протеолітичними ферментами або реагентами
СИНТАКСИС
дайджест -seqall seqall -mwdata файл даних -меню список -мононуклеоз boolean - непривітний boolean
-рваний boolean -термін список - перекриття boolean -всечасткові boolean
- вихідний файл звітом
дайджест -допомога
ОПИС
дайджест — це програма командного рядка від EMBOSS («Європейська молекулярна біологія Open
Пакет програмного забезпечення»). Це частина командної групи (груп) "Білок: мотиви".
ВАРІАНТИ
вхід розділ
-seqall seqall
-mwdata файл даних
Дані молекулярної маси для амінокислот Значення за замовчуванням: Emolwt.dat
Вимагається розділ
-меню список
Значення за замовчуванням: 1
-мононуклеоз boolean
Значення за замовчуванням: N
Advanced розділ
- непривітний boolean
Трипсин зазвичай не скорочується після «KR», якщо за ними йде будь-який з «KRIFLP».
Lys-C зазвичай не скорочується після «K», якщо за ним йде «P». Arg-C не буде
зазвичай скорочується після «R», якщо за ним йде «P». V8-bicarb зазвичай не скорочується після
«E», якщо за ним слід будь-який із «KREP». V8-фос зазвичай не скорочується після «DE», якщо
після них стоїть «P». Хімотрипсин зазвичай не скорочується після «FYWLM», якщо вони є
потім «P». Вказівка unfavoured показує ці нефаворовані розрізи, а також
улюблені.
-рваний boolean
Дозволяє напівспецифічне та неспецифічне травлення. Ця опція особливо корисна
для створення списків пептидних послідовностей для ідентифікації білків
мас-спектрометрія.
-термін список
Значення за замовчуванням: 1
Вихід розділ
- перекриття boolean
Використовується для часткового травлення. Показує всі зрізи з улюблених місць зрізу плюс 1..3, 2..4,
3..5 тощо, але не (наприклад) 2..5. Таким чином, перекриття є фрагментами з рівно одним
потенційне місце зрізу в ньому.
-всечасткові boolean
Що стосується перекриття, але включено фрагменти, які містять більше одного потенційного місця розрізу.
- вихідний файл звітом
Використовуйте дайджест онлайн за допомогою сервісів onworks.net
