dsimulator - онлайн в хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

dsimulator - генерувати синтетичні зчитування для випадкового геному

СИНТАКСИС

дсимулятор genlen: подвійний [-cподвійний (20.)] [-bподвійний (.5)] [-rInt] [-mInt(10000)]
[-sInt(2000)][-xInt(4000)] [-eподвійний (.15)][-Mфайл]

ОПИС

дсимулятор спочатку створює підроблений геном розміру genlen* Довжина 1 Мб, яка має AT-зміщення
-b. Потім він генерує вибіркові зчитування середньої довжини -m від логарифмічної нормальної довжини
розподіл зі стандартним відхиленням -s, але ігнорує зчитування довжиною менше ніж -x. Це
збирає достатньо зчитування, щоб охопити геном -c разів і вводить -e дробові помилки в
кожне читання, де співвідношення вставок, вилучень і замін встановлюється за допомогою певного значення
константи INS_RATE (за замовчуванням 73%) і DEL_RATE (за замовчуванням 20%) у межах generate.c. Можна
також контролюйте швидкість, з якою зчитування вибираються з прямого та зворотного ланцюгів
встановлення визначеної константи FLIP_RATE (за замовчуванням 50/50). The -r опція засіває випадковий
генератор чисел для генерації геному, щоб можна було генерувати відтворюваний
той самий основний геном для зразка. Якщо цей параметр відсутній, то ідентифікатор завдання
початкового виклику генератор випадкових чисел. Вихід відправляється в стандарт
вихід (тобто це канал UNIX). Вихід у форматі Pacbio .fasta, який підходить як вхідні дані
до fasta2DB(1). Нарешті, -M Параметр запитує координати, з яких кожен зчитується
було відібрано, записуються у вказаний файл, один рядок на читання, закодований ASCII.
Цей файл "карти" по суті вказує, де кожне читання належить у збірці і є дуже
корисно для налагодження та тестування. Якщо пара для читання скажімо b,e, то якщо b < e the
читання було відібрано з [b,e] у прямому напрямку, а якщо b > e із [e,b] у
зворотний напрямок.

Використовуйте dsimulator онлайн за допомогою служб onworks.net