Це команда ecoPCR, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
ecoPCR - пошук послідовності та таксономії гібридування з заданими праймерами
СИНТАКСИС
екоПЛР [параметри] <нуклеотидний візерунки>
ОПИС
ecoPCR — це електронне програмне забезпечення для ПЛР, розроблене LECA та Helix-Project. Це допомагає
оцінити якість праймерів штрих-коду.
ВАРІАНТИ
-a : концентрація солі в M для обчислення Tm (за замовчуванням 0.05 M)
-c : Враховуйте, що послідовності бази даних [c]круглі
-d : [D]база даних : відповідати очікуваному формату бази даних
спочатку має бути відформатований за допомогою ecoPCRFormat(1) програма. ecoPCRFormat(1) створює
три типи файлів:
.sdx : містить послідовності
.tdx : містить інформацію про таксономію
.rdx : містить таксономічний ранг
ecoPCR потребує всіх типів файлів. В результаті вам доведеться писати базу даних радикально
без будь-якого розширення. Наприклад /ecoPCRDB/gbmam
-D : Зберігає вказану кількість нуклеотидів на кожній стороні in silico
ампліфіковані послідовності (включаючи ампліфікований фрагмент ДНК плюс дві мішені
послідовності праймерів).
-e : [E]rror: максимальна кількість помилок, дозволених олігонуклеотидом (0 за замовчуванням)
-h : [H]help - print допомогти
-i : [Я]ігнорую вказаний ідентифікатор таксономії.
Ідентифікатор таксономії доступний за допомогою програми ecofind. перегляньте його довідку, ввівши ecofind
-h для отримання додаткової інформації.
-k : [K] режим королівства : установка режиму королівства
режим супер королівства за замовчуванням.
-l : мінімальна [L]довжина : визначити мінімальну довжину амплікації.
-L : максимальна [L]довжина : визначте максимальну довжину амплікації.
-m : Метод корекції солі для обчислення Tm (SANTALUCIA : 1
або OWCZARZY:2, за замовчуванням=1)
-r : [R]обмежує пошук заданим таксономічним ідентифікатором.
Ідентифікатор таксономії доступний за допомогою програми ecofind. перегляньте його довідку, ввівши ecofind
-h для отримання додаткової інформації.
перший аргумент: олігонуклеотид для прямого ланцюга
другий аргумент: олігонуклеотид для зворотного ланцюга
Опис результатів таблиці:
графа 1 : приписний номер
стовпець 2: довжина послідовності
колонка 3: таксономічний ідентифікатор
графа 4 : ранг
колонка 5: таксономічний ідентифікатор виду
графа 6 : наукова назва
колонка 7: таксономічний ідентифікатор роду
графа 8 : назва роду
колонка 9: сімейний таксономічний ідентифікатор
графа 10 : прізвище
стовпець 11: таксономічний ідентифікатор суперкоролівства
колонка 12: назва суперкоролівства
стовпець 13: пасмо (пряме або зворотне)
колонка 14: перший олігонуклеотид
колонка 15 : кількість помилок для першого пасма
колонка 16: Tm для гібридизації праймера 1 на цьому місці
колонка 17: другий олігонуклеотид
колонка 18 : кількість помилок для другого пасма
колонка 19: Tm для гібридизації праймера 1 на цьому місці
колонка 20: довжина посилення
колонка 21 : послідовність
графа 22 : означення
Використовуйте ecoPCR онлайн за допомогою служб onworks.net
