Це команда faidx, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
faidx - Отримати послідовності з FASTA
СИНТАКСИС
faidx [-h] [-b ЛІЖКА] [-o OUT] [-i {ліжко,хромові розміри,нуклеотид,транспонований}] [-c] [-r] [-n |
-f] [-x] [-l] [-s DEFAULT_SEQ] [-d РОЗДІЛЬНИК] [-g REGEX] [-m | -М] [--версія] швидко
[регіони [регіони ...]]
ОПИС
Отримати послідовності з FASTA. Якщо регіони не вказано, всі записи у вхідному файлі є
повернувся. Вхідний файл FASTA має бути послідовно перенесений у рядки, а вихідний – у рядки
базується на довжині вхідних рядків.
ВАРІАНТИ
Позиційний аргументація
fasta файл FASTA
райони
розділені пробілом області послідовності для отримання, наприклад, chr1:1-1000
опціональний аргументація
-h, --допомога
показати це повідомлення довідки та вийти
-b ЛІЖКО, --ліжко BED
ліжковий файл регіонів
-o ВИХІД, -- вихід OUT
ім'я вихідного файлу (за замовчуванням: stdout)
-i {bed,chromsizes,nucleotide,transposed}, --перетворити
{bed,chromsizes,nucleotide,transposed}
перетворити запитані регіони в інший формат. за замовчуванням: немає
-c, --доповнення
доповнюють послідовність. за замовчуванням: False
-r, --зворотний
змінити послідовність. за замовчуванням: False
-n, --без назв
пропускати назви послідовностей із виводу. за замовчуванням: False
-f, --повні імена
вивести повні імена, включаючи опис. за замовчуванням: False
-x, --split-файли
записати кожен регіон в окремий файл (імена походять від регіонів)
-l, -- лінивий
заповнити --default-seq для відсутніх діапазонів. за замовчуванням: False
-s DEFAULT_SEQ, --default-seq DEFAULT_SEQ
База за замовчуванням для відсутніх позицій і маскування. за замовчуванням: N
-d DELIMITER, --розділювач ДЕЛІМЕТР
роздільник для поділу імен на кілька значень (дубльовані імена будуть
відкинуто). за замовчуванням: немає
-g REGEX, --регулярний вираз REGEX
регулярний вираз для фільтрації невідповідних імен послідовностей. за замовчуванням: .*
-m, --mask-with-default-seq
замаскуйте файл FASTA за допомогою --default-seq за замовчуванням: False
-M, --маска за випадком
замаскуйте файл FASTA, змінивши його на нижній регістр. за замовчуванням: False
-- версія
надрукувати номер версії pyfaidx
Використовуйте faidx онлайн за допомогою служб onworks.net
