Це команда fastq-multx, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн емулятор Windows або онлайн емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
fastq-multx - ea-utils: замініть % на ідентифікатор штрих-коду у файлі штрих-кодів
СИНТАКСИС
fastq-multx [-g|-l|-B] -o r1.%.fq [mate.fq -o r2.%.fq] ...
ОПИС
fastq-multx: недійсний параметр -- 'h' Невідомий параметр `-h'.
Версія: 1.02.684
Вихідні файли повинні містити знак «%», який замінюється ідентифікатором штрих-коду в штрих-кодах
файл. Вихідний файл може бути n/a, щоб відкинути відповідні дані (використовуйте це для штрих-коду
читати)
Файл штрих-кодів (-B) виглядає так:
...
За замовчуванням вгадати -бол or -еол на основі чіткої статистики.
If -g використовується, то його параметром є індексна смуга, а часто зустрічаються послідовності
використаний
If -l використовується, то всі штрих-коди у файлі перевіряються, і *група* з *найбільшою*
вибираються матчі.
Згрупований файл штрих-кодів (-l or -L) виглядає так:
...
Поєднані зчитування, якщо вони є, синхронізовані
ВАРІАНТИ
-o FIL1 Вихідні файли (по одному на вхід, обов'язково) -g SEQFIL Визначте штрих-коди з
індексується читання SEQFIL -l BCFIL Визначте штрих-коди з будь-якого прочитаного, використовуючи BCFIL як головний
список -L BCFIL Визначте штрих-коди з , використовуючи BCFIL як основний список -B BCFIL
Використовуйте штрих-коди із зазначеного файлу, не виконуйте крок визначення -b Примусово
початок рядка (5') для збігу штрих-коду -e Примусово кінець рядка (3') для біт-коду
узгодження -t NUM Порогове значення для автоматичного визначення на коефіцієнт NUM (1), > 1 = більше
чутливий -G NAME Використовуйте групи, які відповідають лише NAME -x Не обрізайте штрих-коди
перед написанням місця призначення -n Не виконуйте, просто роздрукуйте ймовірний список штрих-кодів
-v C Переконайтеся, що поєднаний ідентифікатор збігається з символом C (використовуйте " " для підсвічування) -m N
Дозволити до N невідповідностей, якщо вони унікальні (1) -d N Вимагають мінімум
відстань N між найкращим і наступним найкращим (2) -q N Вимагати мінімального phred
якість N для прийняття бази штрих-коду (0)
Використовуйте fastq-multx онлайн за допомогою служб onworks.net
