Це команда fastq-stats, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн емулятор Windows або онлайн емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
fastq-stats - ea-utils: створює багато легко засвоюваної статистики
СИНТАКСИС
fastq-статистика [опції]
ОПИС
Версія: 1.01 $Id: fastq-stats.cpp 652 2013-09-17 17:40:32Z earonesty $
Видає багато легко засвоюваної статистики для перерахованих файлів
Опції
-c cyclemax: максимальна кількість циклів, для яких створюються такі показники якості [35] -w INT
вікно: максимальний розмір вікна для створення статистики читання дублікатів [2000000] -d відлагоджувати:
друкує оператори налагодження -D не повторюйте статистику читання -s INT номер зверху
дублікати читання для відображення -x FIL виводить статистику fastx (потрібне ім’я вихідного файлу) -b
Розбивка вихідної бази FIL за якістю phred у кожному циклі.
Він встановлює cylemax на найдовшу довжину зчитування
-L FIL Підрахунок довжини виведення
Наступні дані друкуються на стандартний виведення:
reads : #читання у файлі fastq
len : довжина читання. Середнє значення і stdev надаються для змінної довжини читання
phred : використовується шкала phred
розмір вікна
: кількість читань, використаних для створення статистичних даних про читання
цикл-макс
: Кількість підстав для оцінки подвійності
dups : кількість повторюваних читань
%dup : читання Pct, які дублюються
унікальний подвійний сек
: цифрові послідовності, які дублюються
хв. кількість дублів
: найменша кількість дублікатів для будь-якої повторюваної послідовності
dup seq
: перелічує 10 найчастіших повторюваних читань разом із середнім числом і stdev
qual : базова якість мінімальна, максимальна та середня
%A,%T,%C,%G
: базові відсотки
загальні бази
: загальна кількість баз
Використовуйте fastq-stats онлайн за допомогою служб onworks.net
