Це команда fuzznuce, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
fuzznuc - Пошук шаблонів у нуклеотидних послідовностях
СИНТАКСИС
fuzznuc - послідовність seqall - візерунок модель -доповнення boolean - вихідний файл звітом
fuzznuc -допомога
ОПИС
fuzznuc — це програма командного рядка від EMBOSS («Європейська молекулярна біологія Open
Пакет програмного забезпечення»). Це частина командної групи (груп) "Nucleic:Motifs".
ВАРІАНТИ
вхід розділ
- послідовність seqall
- візерунок модель
Для нуклеотидів використовуються стандартні однолітерні коди IUPAC. Символ "n" є
використовується для позиції, де приймається будь-який нуклеотид. Неясності позначаються за допомогою
перелік прийнятних нуклеотидів для даної позиції в квадратних дужках '[
]'. Наприклад: [ACG] означає A або C або G. Неоднозначності також позначаються
перерахування між парою фігурних дужок '{ }' нуклеотидів, які не прийняті
на заданій посаді. Наприклад: {AG} означає будь-які нуклеотиди, крім A і G. Кожен
елемент у шаблоні відокремлюється від свого сусіда знаком «-». (Необов’язково в fuzznuc).
Повторення елемента візерунка можна позначити, дотримуючись цього елемента
із числовим значенням або числовим діапазоном між дужками. Приклади: N(3)
відповідає NNN, N(2,4) відповідає NN або NNN або NNNN. Коли візерунок є
обмежений 5' або 3' кінцем послідовності, цей шаблон або починається з a
Символ «<» або відповідно закінчується символом «>». Крапка завершує шаблон.
(Необов’язково в fuzznuc). Наприклад, [CG](5)TG{A}N(1,5)C
Advanced розділ
-доповнення boolean
Значення за замовчуванням: N
Вихід розділ
- вихідний файл звітом
Використовуйте fuzznuce онлайн за допомогою служб onworks.net
