Це команда gaeval, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
gaeval - обчислює охоплення та показники цілісності для генних моделей на основі транскрипту
вирівнювання
СИНТАКСИС
gaeval [опції] alignments.gff3 гени.gff3 [moregenes.gff3 ...]
ОПИС
Основні параметри:
-h|--допомога
роздрукувати це повідомлення довідки та вийти
-v|--версія
роздрукувати номер версії та вийти
Вагові коефіцієнти для розрахунку оцінки цілісності (повинні додавати до 1.0):
-a|--альфа: ПОДВІЙНИЙ
підтверджені інтрони або % очікуваної довжини CDS для одноекзонних генів; за замовчуванням 0.6
-b|--бета: ПОДВІЙ
покриття екзоном; за замовчуванням 0.3
-g|--гама: ПОДВІЙ
% очікуваної довжини UTR 5'; за замовчуванням 0.05
-e|--іпсилон: ПОДВІЙНИЙ
% очікуваної довжини UTR 3'; за замовчуванням 0.05
Очікувана довжина елементів для обчислення показника цілісності:
-c|--exp-cds: INT
очікувана довжина CDS (в bp); за замовчуванням 400
-5|--exp-5putr: ВНУТР
очікувана довжина UTR 5'; за замовчуванням 200
-3|--exp-3putr: ВНУТР
очікувана довжина UTR 3'; за замовчуванням 100
Використовуйте gaeval онлайн за допомогою служб onworks.net
