Це команда gap5, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
gap5 - Програма складання геному (частина пакета Staden)
СИНТАКСИС
розрив 5 [-ро] [-maxseq ] [-maxdb ] [-skip_notes] [DATABASE_NAME.V]
ОПИС
Gap5 — це програма зборки геному. Програма містить всі інструменти, які б
Очікується від програми зборки плюс безліч унікальних функцій і дуже проста у використанні
інтерфейс. Оригінальна версія була описана в Bonfield, JK, Smith, KF і Staden, R. А
нова програма складання послідовності ДНК. Нуклеїнові кислоти Res. 24, 4992-4999 (1995)
Gap5 дуже великий і потужний. Кожен використовує підмножину варіантів і має свої
улюблений спосіб доступу та використання. Хоча його багато, користувачі є
заохочується один раз переглянути всю документацію, щоб просто дізнатися, що є
можливий та спосіб, який найкраще відповідає їхній власній роботі. Принаймні, все це
вступну главу слід прочитати, так як в перспективі це заощадить час.
ВАРІАНТИ
-ро Тільки для читання
-maxseq N
Початкова максимальна загальна довжина консенсусу
-maxdb N
Початкова максимальна кількість контигів + показання
-(ні_)перевірка
(Не) запускайте Перевірку бази даних при відкритті БД
-(no_)exec_notes
(Не) виконувати нотатки OPEN/CLOS при відкритті бази даних
-(no_)rawdata_note
(Не) використовуйте RAWD note замість RAWDATA env. змінний
-(no_)csel
(Не) запускайте селектор contig при відкритті db
- дисплей
X Дисплей для використання
-розмірний N
Визначає розмір допоміжного файлу для нових баз даних (32/64)
-синхронізація Використовувати синхронний режим для сервера відображення (налагодження)
-- Кінець списку аргументів
Використовуйте gap5 онлайн за допомогою служб onworks.net
