Це команда glam2-purge, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
glam2-purge — видаляє зайві послідовності з файлу FASTA
СИНТАКСИС
glam2-чистка файл рахунок [опції]
ОПИС
glam2-чистка є модифікованою версією Andrew Neuwald´s чистка програма, яка видаляє зайве
послідовності з файлу FASTA. Це рекомендується, щоб запобігти дуже подібним
послідовності, що спотворюють пошук мотивів. Purge працює або з ДНК, або з білком
послідовностей і створює вихідний файл таким чином, що жодні дві послідовності не мають локальних (без пропусків).
оцінка вирівнювання перевищує поріг, визначений користувачем. Вихідний файл має назву
. . Оцінка вирівнювання базується на матриці BLOSUM62 для білків і на a
+5/-1 схема оцінки ДНК. Purge також можна використовувати для маскування тандемних повторів. Він використовує
Програма XNU для цієї мети.
ВАРІАНТИ
-n
Послідовності — це ДНК (за замовчуванням: білок).
-b
Використовуйте евристичний метод вибуху (за замовчуванням для білка).
-e
Використовуйте вичерпний метод (за замовчуванням для ДНК).
-q
Зберігайте першу послідовність у наборі.
-x
Використовуйте xnu для маскування білкових тандемних повторів.
Використовуйте glam2-purge онлайн за допомогою служб onworks.net
