Це команда gmx-bar, яку можна запустити у безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks за допомогою однієї з наших безкоштовних онлайн-робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
gmx-bar - обчисліть оцінки різниці вільної енергії через прийнятний коефіцієнт Беннетта
СИНТАКСИС
gmx бар [-f [<.xvg> [...]]] [-g [<.edr> [...]]] [-o [<.xvg>]]
[-ой [<.xvg>]] [-о [<.xvg>]] [-[ні]ж] [-xvg ]
[-b ] [-e ] [-темп ] [-преч ]
[-nbmin ] [-nbmax ] [-nbin ] [-[no]extp]
ОПИС
gmx бар розраховує оцінки різниці вільної енергії через прийнятний коефіцієнт Беннетта
метод (БАР). Він також автоматично додає серії окремих вільних енергій, отриманих за допомогою
BAR в об’єднану оцінку вільної енергії.
Кожна окрема різниця вільної енергії BAR базується на двох симуляціях у різних станах:
скажімо, стан A і стан B, що контролюються параметром лямбда (див .mdp параметр
init_lambda). Метод BAR обчислює відношення середньозваженого гамільтоніана
відмінність стану B від стану A і навпаки. Енергія відрізняється від іншої
стан має бути обчислено явно під час моделювання. Це можна зробити за допомогою .mdp
варіант іноземна_лямбда.
Варіант введення -f очікує кілька dhdl.xvg файли. Підтримуються два типи вхідних файлів:
· Файли з більш ніж одним y- значення. Файли повинні мати стовпці з dH/dlambda і
Дельталямбда. Значення лямбда виведено з легенди: лямбда
моделювання з легенди dH/dlambda та іноземних значень лямбда з
легенди Дельти Х
· Файли лише з одним y- значення. Використовуючи -extp передбачається варіант для цих файлів
який y- значення dH/dlambda і що гамільтоніан лінійно залежить від лямбда.
Значення лямбда симуляції виводиться з підзаголовка (якщо він є),
інакше з номера в підкаталозі в назві файлу.
Лямбда симуляції аналізується з dhdl.xvg легенда файлу, що містить рядок
«dH», іноземні значення лямбда з легенди, що містить великі літери «D» і
"H". Температура розбирається з рядка легенди, що містить «T =».
Варіант введення -g очікує кілька .edr файли. Вони можуть містити або списки енергії
відмінності (див .mdp варіант окремий_файл_dhdl), або серії гістограм (див
.mdp опції dh_hist_size та dh_hist_spacing). Значення температури та лямбда є
автоматично виводиться з енер.едр файлу.
На додаток до .mdp варіант іноземна_лямбдарізниця енергії також може бути
екстрапольовано зі значень dH/dlambda. Це робиться за допомогою параметра "-extp", який
припускає, що гамільтоніан системи лінійно залежить від лямбда, що зазвичай не є
справи.
Оцінки вільної енергії визначаються за допомогою BAR з поділом навпіл з точністю до
вихідний набір с -преч. Оцінка похибки з урахуванням часових кореляцій є
зроблено шляхом поділу даних на блоки та визначення різниці вільної енергії
ці блоки та припускаючи, що блоки незалежні. Остаточна оцінка похибки
визначається із середньої дисперсії за 5 блоків. Діапазон номерів блоків для помилок
оцінка може бути забезпечена варіантами -nbmin та -nbmax.
gmx бар намагається об’єднати зразки з однаковими «рідними» та «чужими» значеннями лямбда, але
завжди передбачає незалежні зразки. Примітка: що при агрегуванні енергії
відмінності/похідні з різними інтервалами вибірки, це майже напевно ні
правильно. Зазвичай наступні енергії корельовані і означають різні часові інтервали
різний ступінь кореляції між вибірками.
Результати розділені на дві частини: остання частина містить кінцеві результати в кДж/моль,
разом з оцінкою помилки для кожної частини та загальною сумою. Перша частина містить
детальні оцінки різниці вільної енергії та міри перекривання фазового простору в одиницях kT
(разом з обчисленою оцінкою похибки). Надруковані значення:
· lam_A: значення лямбда для точки A.
· lam_B: значення лямбда для точки B.
· DG: оцінка вільної енергії.
· s_A: оцінка відносної ентропії B в A.
· s_B: оцінка відносної ентропії A в B.
· stdev: оцінка очікуваного стандартного відхилення на вибірку.
Відносну ентропію обох станів у ансамблі один одного можна інтерпретувати як a
міра перекриття фазового простору: відносна ентропія s_A робочих зразків лямбда_B
в ансамблі lambda_A (і навпаки для s_B), є мірою «відстані»
між розподілами Больцмана двох станів, що прямує до нуля для однакових
розподіли. Див. Wu & Kofke, J. Chem. фіз. 123 084109 (2005) для отримання додаткової інформації.
Оцінка очікуваного стандартного відхилення на вибірку, як наведено в оригіналі Беннетта
Папір BAR: Bennett, J. Comp. фіз. 22, стор 245 (1976). рівняння 10 у ньому дається оцінка
якість вибірки (не безпосередньо фактичної статистичної похибки, оскільки вона передбачає
незалежні зразки).
Щоб отримати візуальну оцінку перекриття фазового простору, використовуйте -о можливість написати серію
гістограми разом з -nbin варіант.
ВАРІАНТИ
Параметри для визначення вхідних файлів:
-f [<.xvg> [...]] (dhdl.xvg) (Необов'язково)
файл xvgr/xmgr
-g [<.edr> [...]] (ener.edr) (Необов'язково)
Енергетичний файл
Параметри для визначення вихідних файлів:
-o [<.xvg>] (bar.xvg) (Необов'язково)
файл xvgr/xmgr
-ой [<.xvg>] (barint.xvg) (Необов'язково)
файл xvgr/xmgr
-о [<.xvg>] (гістограма.xvg) (Необов'язково)
файл xvgr/xmgr
Інші варіанти:
-[ні]ж (немає)
Переглянути вихід .xvg, .xpm, .eps та .pdb файли
-xvg
Форматування графіка xvg: xmgrace, xmgr, немає
-b (0)
Початок часу для BAR
-e (-1)
Час закінчення для BAR
-темп (-1)
Температура (К)
-преч (2)
Кількість цифр після коми
-nbmin (5)
Мінімальна кількість блоків для оцінки похибки
-nbmax (5)
Максимальна кількість блоків для оцінки похибки
-nbin (100)
Кількість бінів для виведення гістограми
-[no]extp (немає)
Чи слід лінійно екстраполювати значення dH/dl для використання як енергії
Використовуйте gmx-bar онлайн за допомогою сервісів onworks.net
