Це команда gmx-dyndom, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
gmx-dyndom - Інтерполяція та екстраполяція обертань структури
СИНТАКСИС
gmx dyndom [-f [<.pdb>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xtc/.trr/...>]]
[-перший куточок ] [- останній куточок ] [-nframe ]
[- максимальний кут ] [- транс ] [-голова ]
[- хвіст ]
ОПИС
gmx dyndom читає а .pdb вихідний файл із DynDom (http://www.cmp.uea.ac.uk/dyndom/). Це
зчитує координати, координати осі обертання та індексний файл, що містить
доменів. Крім того, він приймає перший і останній атом файлу стрілок як команду
аргументи рядка (голова і хвіст) і, нарешті, він приймає вектор перекладу (вказаний у
інформаційний файл DynDom) і кут повороту (також як аргументи командного рядка). Якщо кут
визначається DynDom, слід мати можливість відновити другу структуру, яка використовується для
створення виводу DynDom. Через обмежену чисельну точність це повинно бути
перевіряється шляхом обчислення повноатомного RMSD (за допомогою gmx підтверджує), а не порівнянням файлів
(використовуючи diff).
Метою цієї програми є інтерполяція та екстраполяція обертання, знайденого за допомогою
DynDom. В результаті виникають нефізичні структури з довгими або короткими зв’язками, або атоми, що перекриваються
може вироблятися. Для підтвердження може знадобитися візуальний огляд та мінімізація енергії
структуру.
ВАРІАНТИ
Параметри для визначення вхідних файлів:
-f [<.pdb>] (dyndom.pdb)
Файл банку даних білка
-n [<.ndx>] (domains.ndx)
Індексний файл
Параметри для визначення вихідних файлів:
-o [<.xtc/.trr/...>] (повернуто.xtc)
Траєкторія: xtc трр гро g96 pdb тнг
Інші варіанти:
-перший куточок (0)
Кут повороту навколо вектора обертання
- останній куточок (0)
Кут повороту навколо вектора обертання
-nframe (11)
Кількість кроків на шляху
- максимальний кут (0)
DymDom dвизначений кут повороту навколо вектора обертання
- транс (0)
Переміщення (Angstrom) за вектором обертання (див. інформаційний файл DynDom)
-голова (0 0 0)
Перший атом вектора стрілки
- хвіст (0 0 0)
Останній атом вектора стрілки
Використовуйте gmx-dyndom онлайн за допомогою служб onworks.net
