gmx-insert-molecules - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

gmx-insert-molecules - Вставте молекули в наявні вакансії

СИНТАКСИС

gmx вставка-молекул [-f [<.gro/.g96/...>]] [- це [<.gro/.g96/...>]]
[-ip [<.dat>]] [-o [<.gro/.g96/...>]] [- коробка ]
[-нмоль ] [- спробуйте ] [- насіння ]
[-радіус ] [-масштаб ] [-доктор ]
[-гниття ]

ОПИС

gmx вставки-молекули вставки -нмоль копії системи, зазначеної в ст - це вхідний файл.
Вставки відбуваються або у вільний простір у конформації розчиненої речовини, заданої с
-f, або в порожнє поле, задане за допомогою - коробка. Вказавши обидва -f та - коробка поводиться як -f, Але
розміщує нову коробку навколо розчиненої речовини перед вставленням. Будь-які наявні швидкості є
відкинути.

За замовчуванням позиції вставки є випадковими (з початковим насінням, зазначеним як - насіння).
програма повторює доти -нмоль молекули були вставлені в коробку. Молекули не є
вставлено, де відстань між будь-яким існуючим атомом і будь-яким атомом вставленого
молекули менше суми, заснованої на радіусах Ван-дер-Ваальса обох атомів. База даних
(vdwradii.dat) радіусів Ван-дер-Ваальса зчитується програмою, а отримані радіуси
масштабований за -масштаб. Якщо радіуси не знайдені в базі даних, цим атомам призначаються
(попередньо масштабована) відстань -радіус.

Всього -нмоль * - спробуйте спроби вставки робляться перед тим, як відмовитися. Збільшувати - спробуйте якщо Ви
мають кілька невеликих отворів для заповнення. Варіант -гниття вказує, чи є вставні молекули
довільно орієнтовані перед спробами вставки.

В якості альтернативи, молекули можуть бути вставлені тільки в положення, визначені в positions.dat
(-ip). Цей файл повинен мати 3 стовпці (x,y,z), які дають зміщення порівняно з
положення вхідної молекули (- це). Отже, якщо цей файл повинен містити абсолютне значення
позиціях, молекула повинна бути відцентрована на (0,0,0) перед використанням gmx вставки-молекули
(наприклад, від gmx editconf -центр). Коментарі в цьому файлі, які починаються з #, ігноруються.
варіант -доктор визначає максимально дозволені зміщення під час вставних проб. - спробуйте та
-гниття працювати як у режимі за замовчуванням (див. вище).

ВАРІАНТИ

Параметри для визначення вхідних файлів:

-f [<.gro/.g96/...>] (білок.гро) (Необов'язково)
Існуюча конфігурація для вставки в: гро g96 pdb brk ent esp тпр

- це [<.gro/.g96/...>] (insert.gro)
Конфігурація для вставки: гро g96 pdb brk ent esp тпр

-ip [<.dat>] (positions.dat) (Необов'язково)
Попередньо визначені пробні позиції вставки

Параметри для визначення вихідних файлів:

-o [<.gro/.g96/...>] (out.gro)
Конфігурація виходу після вставки: гро g96 pdb brk ent esp

Інші варіанти:

- коробка (0 0 0)
Розмір коробки (в нм)

-нмоль (0)
Кількість додаткових молекул для вставки

- спробуйте (10)
Спробуйте вставити -нмоль times - спробуйте times

- насіння (1997)
Насіння випадкового генератора

-радіус (0.105)
Відстань Ван-дер-Ваальса за замовчуванням

-масштаб (0.57)
Масштабний коефіцієнт для множення радіусів Ван-дер-Ваальса з бази даних
share/gromacs/top/vdwradii.dat. Значення за замовчуванням 0.57 дає щільність, близьку до
1000 г/л для білків у воді.

-доктор (0 0 0)
Дозволено зміщення в x/y/z з позицій в -ip файл

-гниття
Обертайте вставлені молекули довільно: xyz, z, немає

Використовуйте gmx-insert-molecules онлайн за допомогою служб onworks.net