Це команда gmx-make_ndx, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн емулятор Windows або онлайн емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
gmx-make_ndx - Створення індексних файлів
СИНТАКСИС
gmx make_ndx [-f [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx> [...]]] [-o [<.ndx>]]
[-натоми ] [-[ні]двійник]
ОПИС
Індексні групи необхідні майже для кожної програми GROMACS. Всі ці програми можуть
створити групи індексів за замовчуванням. Ви повинні ТІЛЬКИ використовувати gmx make_ndx коли вам потрібен СПЕЦІАЛЬНИЙ
індексні групи. Існує група індексів за замовчуванням для всієї системи, 9 груп індексів за замовчуванням
для білків, а група індексів за замовчуванням створюється для кожного іншого імені залишку.
Якщо файл індексу не надається, також gmx make_ndx створить групи за замовчуванням. З
редактор індексу ви можете вибрати назви атомів, залишків і ланцюжків і номерів. Коли біг
вхідний файл надається, ви також можете вибрати тип атома. Ви можете використовувати NOT, AND і OR, you
може розділяти групи на ланцюги, залишки або атоми. Ви можете видаляти та перейменовувати групи.
Нумерація атомів у редакторі та файлі індексу починається з 1.
Команда - близнюк switch дублює всі групи індексів зі зміщенням -натоми, що корисно
для комп’ютерної електрофізіології двошарових мембранних установок.
ВАРІАНТИ
Параметри для визначення вхідних файлів:
-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro) (Необов'язково)
Файл структури: гро g96 pdb brk ent esp тпр
-n [<.ndx> [...]] (index.ndx) (Необов'язково)
Індексний файл
Параметри для визначення вихідних файлів:
-o [<.ndx>] (index.ndx)
Індексний файл
Інші варіанти:
-натоми (0)
встановити кількість атомів (за замовчуванням: читання з файлу координат або індексу)
-[ні]двійник (немає)
Дублюйте всі групи індексів зі зміщенням -natoms
Використовуйте gmx-make_ndx онлайн за допомогою служб onworks.net
