gmx-sasa - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

gmx-sasa - обчислити площу поверхні, доступну для розчинника

СИНТАКСИС

gmx sasa [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-одг [<.xvg>]] [-Або [<.xvg>]] [-оа [<.xvg>]]
[-телевізор [<.xvg>]] [-q [<.pdb>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-ту ] [-xvg ] [-[ні]rmpbc]
[-[ні]pbc] [-sf ] [-selrpos ] [-зонд ]
[- точки ] [-[ні]прот] [-dgs ]
[-поверхня ] [-вихід ]

ОПИС

gmx Sasa обчислює площі поверхні, доступні для розчинника. Див. Eisenhaber F, Lijnzaad P, Argos
P, Sander C, & Scharf M (1995) J. Comput. хім. 16, 273-284 для використаного алгоритму. З
-q, поверхня Конноллі також може бути згенерована в a .pdb файл, де знаходяться вузли
представлені у вигляді атомів, а ребра, що з’єднують найближчі вузли, як записи CONECT. -одг
дозволяє оцінити вільну енергію сольватації з енергій сольватації на один атом
відкрита площа поверхні.

Програма вимагає вибору для розрахунку поверхні, який потрібно вказати
-поверхня. Він завжди повинен складатися з усіх нерозчинних атомів у системі. Площа с
ця група завжди розраховується. за бажанням, -вихід можна вказати додаткові параметри,
які мають бути підмножинами розрахункової групи. Для них доступні для розчинників зони
групи також витягуються з повної поверхні.

Середнє та стандартне відхилення площі по траєкторії можна розрахувати за
залишок і атом (варіанти -Або та -оа).

З -телевізор Опція можна обчислити загальний об’єм і густину молекули. З
-pbc (за замовчуванням), ви повинні переконатися, що ваша молекула/група поверхні не розділена
КПБ. Інакше ви отримаєте безглузді результати. Будь ласка, також подумайте, чи є
звичайний радіус зонда є відповідним у цьому випадку або ви хочете використовувати, наприклад, 0.
Варто мати на увазі, що результати для об’єму та щільності дуже приблизні.
Наприклад, у льоду Ih можна легко помістити молекули води в пори, які б піддалися
занадто малий об’єм, а також занадто високі площа поверхні та щільність.

ВАРІАНТИ

Параметри для визначення вхідних файлів:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Необов'язково)
Вхідна траєкторія або одна конфігурація: xtc трр рахувати гро g96 pdb тнг

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Необов'язково)
Структура введення: тпр гро g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Необов'язково)
Додаткові індексні групи

Параметри для визначення вихідних файлів:

-o [<.xvg>] (область.xvg)
Загальна площа як функція часу

-одг [<.xvg>] (dgsolv.xvg) (Необов'язково)
Розрахована вільна енергія сольватації як функція часу

-Або [<.xvg>] (resarea.xvg) (Необов'язково)
Середня площа на один залишок

-оа [<.xvg>] (atomarea.xvg) (Необов'язково)
Середня площа на атом

-телевізор [<.xvg>] (том.xvg) (Необов'язково)
Загальний об’єм і щільність як функція часу

-q [<.pdb>] (connolly.pdb) (Необов'язково)
Файл PDB для поверхні Конноллі

Інші варіанти:

-b (0)
Перший кадр (ps) для зчитування з траєкторії

-e (0)
Останній кадр (ps) для читання з траєкторії

-dt (0)
Використовуйте кадр лише, якщо t MOD dt == перший раз (ps)

-ту (пс)
Одиниця значень часу: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg (xmgrace)
Форматування графіка: немає, xmgrace, xmgr

-[ні]rmpbc (так)
Зробіть молекули цілісними для кожного кадру

-[ні]pbc (так)
Використовуйте періодичні граничні умови для обчислення відстані

-sf
Надайте вибір із файлів

-selrpos (атом)
Вибір опорних позицій: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com, whole_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
дин_мол_ког

-зонд (0.14)
Радіус зонда розчинника (нм)

- точки (24)
Кількість точок на сферу, більше точок означає більшу точність

-[ні]прот (так)
Виведіть білок у коннолі .pdb файл теж

-dgs (0)
Значення за замовчуванням для вільної енергії сольватації на площу (кДж/моль/нм^2)

-поверхня
Вибір розрахунку поверхні

-вихід
Вибір(и) вихідних даних

Використовуйте gmx-sasa онлайн за допомогою служб onworks.net