Це команда gmx-spol, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
gmx-spol - Аналіз орієнтації диполя розчинника та поляризації навколо розчинених речовин
СИНТАКСИС
gmx spol [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ] [-[ні]ж]
[-xvg ] [-[ні]ком] [-пережир ] [-rmin ]
[-rмакс ] [- занурювати ] [-чб ]
ОПИС
gmx секс аналізує диполі навколо розчиненої речовини; це особливо корисно для поляризуючої води.
Група еталонних атомів, або центр відліку мас (опція -com) та група
потрібні атоми розчинника. Програма розбиває групу атомів розчинника на молекули.
Для кожної молекули розчинника відстань до найближчого атома в групі порівняння або до
COM визначається. Побудовано кумулятивний розподіл цих відстаней. Для кожного
відстань між -rmin та -rмакс внутрішній добуток вектора відстані і диполя
визначення молекули розчинника. Для молекул розчинника з чистим зарядом (іонами),
чистий заряд іона рівномірно віднімається від усіх атомів при виділенні кожного йона.
Надруковано середнє значення цих дипольних компонентів. Те ж саме робиться для поляризації,
де середній диполь віднімається від миттєвого диполя. Величина
середній диполь встановлюється з опцією - занурювати, напрямок визначається вектором від
перший атом у вибраній групі розчинників до середини між другим і в
третій атом.
ВАРІАНТИ
Параметри для визначення вхідних файлів:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Траєкторія: xtc трр рахувати гро g96 pdb тнг
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Вхідний файл для запуску портативного xdr
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Необов'язково)
Індексний файл
Параметри для визначення вихідних файлів:
-o [<.xvg>] (scdist.xvg)
файл xvgr/xmgr
Інші варіанти:
-b (0)
Перший кадр (ps) для зчитування з траєкторії
-e (0)
Останній кадр (ps) для читання з траєкторії
-dt (0)
Використовуйте кадр лише тоді, коли t MOD dt = перший раз (ps)
-[ні]ж (немає)
Переглянути вихід .xvg, .xpm, .eps та .pdb файли
-xvg
Форматування графіка xvg: xmgrace, xmgr, немає
-[ні]ком (немає)
Використовуйте центр мас як опорне положення
-пережир (1)
Еталонний атом молекули розчинника
-rmin (0)
Максимальна відстань (нм)
-rмакс (0.32)
Максимальна відстань (нм)
- занурювати (0)
Середній диполь (D)
-чб (0.01)
Ширина бункера
Використовуйте gmx-spol онлайн за допомогою служб onworks.net
