gmx-vanhove - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

gmx-vanhove - Обчислюйте функції зміщення Ван Хова та кореляції

СИНТАКСИС

gmx vanhove [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ом [<.xpm>]] [-Або [<.xvg>]] [-от [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[ні]ж] [-xvg ]
[-sqrt ] [-фм ] [-rмакс ] [-рбін ]
[-ммакс ] [-nрівні ] [-nr ] [-фр ]
[-rt ] [- футів ]

ОПИС

gmx Ванхове обчислює кореляційну функцію Ван Хоува. Ван Хова G(r,t) — це
ймовірність того, що частинка, яка знаходиться в r_0 в момент нуля, може бути знайдена в положенні r_0+r в
час t. gmx Ванхове визначає G не для вектора r, а для довжини r. Таким чином це
дає ймовірність того, що частка переміститься на відстань r за час t. Стрибки через
періодичні межі видаляються. Поправки вносяться для масштабування за рахунок ізотропності або
анізотропна муфта тиску.

З опцією -ом всю матрицю можна записати як функцію t і r або як функцію
з sqrt(t) і r (опція -sqrt).

З опцією -Або функція Ван Хоува будується для одного або кількох значень t. Варіант -nr
встановлює кількість разів, параметр -фр відстань між часами. Ширина двоїння
встановлюється з опцією -рбін. Кількість бункерів визначається автоматично.

З опцією -от інтеграл до певної відстані (опція -rt) зображується як a
функція часу.

Для всіх кадрів, які зчитуються, зберігаються координати вибраних частинок
пам'ять. Тому програма може використовувати багато пам'яті. Для варіантів -ом та -от
програма може працювати повільно. Це тому, що обчислення масштабується як кількість кадрів
-фм or - футів. Зауважте, що з -dt варіант використання пам'яті та часу обчислення може бути
зменшується.

ВАРІАНТИ

Параметри для визначення вхідних файлів:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Траєкторія: xtc трр рахувати гро g96 pdb тнг

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Структура + маса (дБ): тпр гро g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Необов'язково)
Індексний файл

Параметри для визначення вихідних файлів:

-ом [<.xpm>] (vanhove.xpm) (Необов'язково)
X PixMap-сумісний матричний файл

-Або [<.xvg>] (vanhove_r.xvg) (Необов'язково)
файл xvgr/xmgr

-от [<.xvg>] (vanhove_t.xvg) (Необов'язково)
файл xvgr/xmgr

Інші варіанти:

-b (0)
Перший кадр (ps) для зчитування з траєкторії

-e (0)
Останній кадр (ps) для читання з траєкторії

-dt (0)
Використовуйте кадр лише тоді, коли t MOD dt = перший раз (ps)

-[ні]ж (немає)
Переглянути вихід .xvg, .xpm, .eps та .pdb файли

-xvg
Форматування графіка xvg: xmgrace, xmgr, немає

-sqrt (0)
Використовуйте sqrt(t) на осі матриці, яка розділяє # в sqrt(ps)

-фм (0)
Кількість кадрів у матриці, 0 - це все побудувати

-rмакс (2)
Максимальний r в матриці (нм)

-рбін (0.01)
Двоширина в матриці і для -Або (нм)

-ммакс (0)
Максимальна щільність в матриці, 0 обчислюється (1/нм)

-nрівні (81)
Кількість рівнів у матриці

-nr (1)
Кількість кривих для -Або вихід

-фр (0)
Відстань між рамками для -Або вихід

-rt (0)
Межа інтеграції для -от вихід (нм)

- футів (0)
Кількість кадрів у -от вихід, 0 - це все

Використовуйте gmx-vanhove онлайн за допомогою служб onworks.net