hmm2search - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

hmm2search - пошук у базі даних послідовності з профілем HMM

СИНТАКСИС

hmm2search [параметри] hmmфайл seqfile

ОПИС

hmm2search читає HMM з hmmфайл і пошуки seqfile для значно подібних
послідовність збігів.

seqfile буде шукатися спочатку в поточному робочому каталозі, а потім у каталозі
названі змінною середовища BLASTDB. Це дозволяє користувачам використовувати існуючі бази даних BLAST,
якщо BLAST налаштовано для сайту.

hmm2search для виконання може знадобитися хвилини або навіть години, залежно від розміру послідовності
бази даних. Рекомендується перенаправити вихід у файл.

Результат складається з чотирьох розділів: ранжований список найкращих секвенцій, а
рейтинговий список доменів з найкращим рейтингом, вирівнювання для всіх доменів з найкращим рейтингом та
гістограма балів. Оцінка послідовності може бути вищою за оцінку домену для
та сама послідовність, якщо в послідовності є більше одного домену; оцінка послідовності
врахувати всі домени. Усі послідовності оцінки вище -E та -T показано обрізки
потім у першому списку кожен домен, знайдений у цьому списку, відображається у другому списку
звернення до домену. За бажанням можна також застосувати порогові значення E-value та бітової оцінки
список доменів за допомогою --domE та --domT Варіанти.

ВАРІАНТИ

-h Роздрукувати коротку довідку; включає номер версії та зведення всіх параметрів, в т.ч
експертні варіанти.

-A Обмежує вихід вирівнювання до кращі домени. -А0 відключає
вирівнювання і може використовуватися для зменшення розміру вихідних файлів.

-E Встановіть граничне значення E-value для рейтингового списку звернень за послідовність , де це
додатне дійсне число. За замовчуванням встановлено значення 10.0. Попадання з E-значеннями краще ніж (менше
ніж) буде показано цей поріг.

-T Встановіть граничне значення бітової оцінки для рейтингового списку звернень за послідовність , де is
реальне число. За замовчуванням є негативна нескінченність; за замовчуванням порогове значення
контролюється E-значенням, а не бітовою оцінкою. Удари з бітовою оцінкою краще ніж
(більше ніж) буде показано цей поріг.

-Z Обчисліть оцінки E-value так, ніби ми бачили базу даних послідовності
послідовності. За замовчуванням – це кількість послідовностей, які можна побачити у файлі бази даних
.

ЕКСПЕРТ ВАРІАНТИ

--compat
Використовуйте вихідний формат HMMER 2.1.1, загальнодоступний випуск 1998-2001; передбачено так
2.1.1 синтаксичний аналізатор не потрібно переписувати.

--ЦП
Встановлює максимальну кількість процесорів, на яких буде працювати програма. За замовчуванням використовується
всі процесори в машині. Замінює змінну середовища HMMER_NCPU. Тільки
впливає на потокові версії HMMER (за замовчуванням у більшості систем).

--cut_ga
Використовуйте граничні показники Pfam GA (порог збору). Еквівалент --globT
--domT , але граничні значення GA2 і GA1 зчитуються з файлу HMM. hmm2build
поміщає туди ці обмеження, якщо файл вирівнювання був анотований у зручному для Pfam
формат вирівнювання (розширений формат SELEX або Stockholm) і додатковий GA
був присутній рядок анотації. Якщо ці обмеження не встановлені у файлі HMM, --cut_ga
не працює.

--cut_tc
Використовуйте граничні показники Pfam TC (довірене обмеження). Еквівалент --globT --domT
, але відрізки TC2 і TC1 зчитуються з файлу HMM. hmm2build розміщує ці
обрізки там, якщо файл вирівнювання був анотований у вирівнюванні, зручному для Pfam
формат (розширений формат SELEX або Stockholm), а додатковий рядок анотації TC був
присутній. Якщо ці обмеження не встановлені у файлі HMM, --cut_tc не працює.

--cut_nc
Використовуйте обмеження для оцінок Pfam NC (noise cutoff). Еквівалент --globT --domT ,
але відсічення NC1 і NC2 зчитуються з файлу HMM. hmm2build розміщує ці
обрізки там, якщо файл вирівнювання був анотований у вирівнюванні, зручному для Pfam
формат (розширений формат SELEX або Stockholm) і необов'язковий рядок анотації NC
присутній. Якщо ці обмеження не встановлені у файлі HMM, --cut_nc не працює.

--domE
Установіть граничне значення E-value для рейтингового списку звернень для кожного домену , де це
додатне дійсне число. За замовчуванням – нескінченність; за замовчуванням усі домени в
послідовності, які подолали перший поріг, будуть повідомлені у другому списку, так
що кількість доменів, зазначена в списку на послідовність, відповідає
номер, який відображається в списку доменів.

--domT
Встановіть бітове значення для рейтингового списку звернень для кожного домену , де це
реальне число. За замовчуванням є негативна нескінченність; за замовчуванням усі домени в
послідовності, які подолали перший поріг, будуть повідомлені у другому списку, так
що кількість доменів, зазначена в списку на послідовність, відповідає
номер, який відображається в списку доменів. Важливий зазначає: тільки один домен в a
послідовність повністю контролюється цим параметром або за допомогою --domT. Другий і
наступні домени в послідовності мають де-факто поріг оцінки бітів 0, оскільки
деталі роботи HMMER. HMMER вимагає принаймні одного проходу через
основна модель на послідовність; зробити більше одного проходу (більше одного домену).
багатодоменне вирівнювання має мати кращий бал, ніж вирівнювання з одним доменом,
і, отже, додаткові домени повинні вносити позитивний результат. Дивіться посібник користувача
для більш докладної інформації.

--вперед
Використовуйте алгоритм Forward замість алгоритму Вітербі, щоб визначити
оцінки послідовності. Оцінки за домен усе ще визначаються за алгоритмом Вітербі.
Деякі стверджують, що Forward є більш чутливим алгоритмом для виявлення віддаленого
гомологи послідовності; Однак мої експерименти з HMMER цього не підтвердили.

--інформація
Стверджують, що введення seqfile є у форматі ; не запускайте формат Babelfish
автовизначення. Це дещо підвищує надійність програми, тому що
Babelfish може робити помилки; особливо рекомендується для безнаглядних, високо-
пропускна здатність HMMER. Допустимі рядки формату включають FASTA, GENBANK, EMBL, GCG,
PIR, STOCKHOLM, SELEX, MSF, CLUSTAL і PHYLIP. Перегляньте посібник користувача для а
повний список.

--null2
Вимкніть пост-спец-другу нульову модель. За замовчуванням кожне вирівнювання перераховується
етап постобробки, який враховує можливу упереджену композицію в будь-якому
HMM або цільова послідовність. Це майже важливо при пошуку в базі даних,
особливо з моделями локального вирівнювання. Імовірність цього дуже мала
постобробка може видалити реальні збіги, і в цих випадках --null2 може покращитися
чутливість за рахунок зниження специфічності за рахунок упередження композиції
потрапляє наскрізь.

--pvm Запуск на паралельній віртуальній машині (PVM). PVM вже має бути запущеним. The
клієнтська програма hmm2search-pvm повинен бути встановлений на всіх вузлах PVM. Додатково PVM
підтримка повинна бути скомпільована в HMMER.

--xnu Увімкніть фільтрацію XNU послідовностей цільових білків. Не впливає на нуклеїнову кислоту
послідовності. У пробних експериментах, --xnu здається, працює менш добре, ніж
за замовчуванням post hoc null2 модель.

Використовуйте hmm2search онлайн за допомогою служб onworks.net