Це команда hmmalign, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS.
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
hmmalign - вирівняти послідовності за профілем HMM
СИНТАКСИС
hmmalign [параметри]
ОПИС
Виконайте багаторазове вирівнювання всіх послідовностей у шляхом їх вирівнювання
індивідуально до профілю HMM в . Нове вирівнювання виводиться до stdout in
Стокгольмський формат.
Команда має містити лише один профіль. Якщо він містить більше, то тільки перший
буде використаний профіль у файлі.
Або or (але не обидва) може бути "-" (тире), що означає читання цього
вхід з stdin а не файл.
Послідовності в вирівнюються в режимі локального вирівнювання unihit. Тому вони
вже має бути відомо, що він містить лише один домен (або його фрагмент). The
оптимальне вирівнювання може віднести деякі залишки до негомологічних (стани N і C), в яких
якщо ці залишки все ще включені в результуюче вирівнювання, але відсунуті до зовнішнього
краю. Щоб обрізати ці невирівняні негомологічні залишки з результату, див -- обрізати
варіант.
ВАРІАНТИ
-h Допомога; надрукувати коротке нагадування про використання командного рядка та всі доступні параметри.
-o Спрямуйте вихідне вирівнювання у файл , а не до стандартний вихід.
--мапалі
Об’єднати наявне вирівнювання у файлі в результат, де є саме тим
таке саме вирівнювання, яке було використано для побудови моделі . Це робиться за допомогою a
карта вирівнювання стовпців до консенсусних позицій профілю, що зберігається в
. Багаторазове вирівнювання в буде точно відтворено в його
консенсусних стовпців (як визначено профілем), але відображене вирівнювання в
вставити стовпці можуть бути змінені, оскільки вставки відносно профілю є
за конвенцією вважаються неузгодженими даними.
-- обрізати Обрізати негомологічні залишки (віднесені до станів N і C в оптимальному вирівнюванні)
з отриманого результату множинного вирівнювання.
--аміно
Вкажіть, що всі послідовності в є білками. Тип алфавіту за замовчуванням
автоматично визначається з огляду на склад залишків.
--дна Вкажіть, що всі послідовності в є ДНК.
--рна Вкажіть, що всі послідовності в є РНК.
--інформація
Оголосити, що введення є у форматі . Прийняті формати файлів послідовності
включають FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Stockholm і SELEX. За замовчуванням – до
автоматично визначити формат файлу.
--формат
Вкажіть, що вихідне множинне вирівнювання має формат . В даний час
прийняті формати файлів послідовності кількох вирівнювань включають лише Stockholm і SELEX.
Використовуйте hmmalign онлайн за допомогою служб onworks.net
