Це команда idfetch, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
idfetch - отримати біологічні дані з сервера NCBI ID1
СИНТАКСИС
idfetch [-] [-F вул] [-G ім'я файлу] [-Q ім'я файлу] [-c N] [-d вул] [-e N] [-f вул] [-g N]
[-i N] [-l ім'я файлу] [-n] [-o ім'я файлу] [-q вул] [-s вул] [-t N]
ОПИС
idfetch є клієнтом для сервера ID1 NCBI, який містить велику базу даних анотованих
біологічні послідовності.
ВАРІАНТИ
Нижче наведено короткий опис варіантів.
- Роздрукувати повідомлення про використання
-F вул Додати вказані типи об’єктів (розділені комами); дозволені значення CDD, SNP,
SNP_graph, MGC, HPRD, STS, тРНК та мікроРНК.
-G ім'я файлу
Файл зі списком GI, (версій) доступів, FASTA SeqID для дампу
-Q ім'я файлу
Створити список GI за запитом Entrez ім'я файлу; вимагає -дн or -dp.
-c N Максимальна складність:
0 отримати всю краплю (за замовчуванням)
1 отримати цікаву біосеквенцію
2 отримати мінімальний набір bioseq, що містить цікаву біосекцію
3 отримати мінімальний nuc-prot, що містить цікаву біосеквенцію
4 отримати мінімальний набір pub, що містить цікаву біосекцію
-d вул База даних для використання (з -q, може бути будь-яким n для нуклеотидів або p для білків).
-e N Номер об’єкта (номер пошуку) для дампу
-f вул Зведений SeqId. Можливі формати:
тип([ім'я][,[приєднання][,[звільнити][,версія]]]) як "5(HUMHBB)"
тип=приєднання
тип:номер
(тип це число, що вказує підтип ASN.1 Seq-id.)
-g N Ідентифікатор GI для окремого об’єкта для дампу
-i N Тип пошуку:
0 отримати Seq-entry (за замовчуванням)
1 отримати стан GI (виведення в stderr)
2 отримати SeqIds
3 отримати історію GI (тільки зміна послідовності)
4 отримати історію версій (будь-які зміни в ASN.1)
-l ім'я файлу
Файл журналу
-n Вивести лише список ГІ (з -q та -Q).
-o ім'я файлу
Ім'я файлу для виведення (за замовчуванням = stdout)
-q вул Створення списку gi за запитом Entrez. Вимагає -дн or -dp.
-s вул SeqId у стилі FASTA, ЗАКЛЮЧЕНИЙ В ЦИТАТАХ. Формати:
lcl|Int or вул
bbs|Int
bbm|Int
gb|Точність|loc
наб.|Точність|loc
пір|Точність|ім'я
sp|Точність|ім'я
погладити|країна|патент|далі
gi|Int
dbj|Точність|loc
prf|Точність|ім'я
pdb|запис|ланцюг
-t N Тип виходу:
1 текст ASN.1 (за замовчуванням)
2 двійковий ASN.1
3 GenBank (лише для введення послідовності)
4 GenPept (лише введення послідовності)
5 FASTA (таблиця для історії)
6 показників якості (лише введення послідовності)
7 Entrez DocSums
8 Зворотне доповнення FASTA
Використовуйте idfetch онлайн за допомогою служб onworks.net
