king-probe - онлайн в хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

king-probe - Оцінка та візуалізація міжатомної упаковки білка

ОПИС

Синтаксис: probe input.pdb >> out.kin

або: probe [flags] "src pattern" ["target pattern"] pdbfiles... >> out.kin

Прапори:
-Я самоперетин: src -> src (за замовчуванням)

-Оба перетинаються в обидва боки: src <=> targ

-Одного разу одинарне перетин: src -> targ

-Вийшов зовнішня поверхня Ван-дер-Ваальса src (поверхня контакту з розчинником)

-АВТОБондрот ім'я файлу
прочитати та обробити файл autobondrot

ярлики:

< > те саме, що: -4H -mc -хет - сам "altA ogt33"

-ПРОМОЧАННІ
те саме, що: < >, але дозволяє деякі інші прапори

-SCSurface такий же, як: - падіння -рад1.4 -від "не вода"

-Виставили
такий же, як: - падіння -рад1.4 -від (примітка: шаблон витратних матеріалів для користувача)

-Аповерхня
такий же, як: - падіння -рад0.0 -додати1.4 -від "не вода"

-ДОСТУП
такий же, як: - падіння -рад0.0 -додати1.4 -від (примітка: шаблон витратних матеріалів для користувача)

-СКАН0 такий же, як: -4H -mc - сам "alta blt40 ogt33"

-СКАН1 такий же, як: -4H -один раз "sc alta blt40 ogt33" "alta blt40 ogt65, (не вода ogt33)"

-DUMPAtominfo
підрахувати атоми у виділенні: src

(Зверніть увагу, що BOTH і ONCE вимагають двох шаблонів while

OUT, SELF і DUMPATOMINFO вимагають лише одного шаблону)

- Неявно
неявні водні

- Явний
явні водні (за замовчуванням)

-Щільність#
встановити щільність точок (за замовчуванням 16 точок/кв. А)

-Радій#.#
встановити радіус датчика (за замовчуванням 0.25 A)

-ADDvdw#.#
зміщення додано до радіусів Ван-дер-Ваальса (за замовчуванням 0.0)

-SCALEvdw#.# масштабний коефіцієнт для радіусів Ван-дер-Ваальса (за замовчуванням 1.0)

-COSCale#.#
шкала C=O радіуси Ван-дер-Ваальса (за замовчуванням 0.94)

-Спайк намалювати пік замість крапок (за замовчуванням)

-Спайк#.#
встановити шкалу стрибків (за замовчуванням=0.5)

-NOSpike
малювати тільки точки

-HBRзвичайний#.# максимальне перекриття для звичайних Hbonds (за замовчуванням=0.6)

-HBC заряджений#.# максимальне перекриття для нарахованих Hbonds (за замовчуванням=0.8)

- Тримайте зберігати невибрані атоми (за замовчуванням)

- DROP скинути невибрані атоми

-LImit обмежити максимальну відстань під час поцілунку (за замовчуванням)

-Немає межі
не обмежуйте нерівності

-об'єктив додати ключове слово lens до файлу kin

-НОЛЕНИ
не додавати ключове слово lens до файлу kin (за замовчуванням)

-МС включають взаємодії mainchain->mainchain

-ХЕЦ включити точки до неводних груп HET (за замовчуванням)

-НОХЕЦ
виключити точки до неводних груп HET

-ВОДИ
включити точки до води (за замовчуванням)

-НОВИНИ
виключити точки на воді

-WAT2wat
показати точки між водами

-DUMPH2O
включають воду H? векторний список у виводі

-4H розширити видалення точок ланцюга зв’язку до 4 для H (за замовчуванням)

-3 обмежити видалення точок ланцюга зв’язку до 3

-2 обмежити видалення точок ланцюга зв’язку до 2

-1 обмежити видалення точок ланцюга зв’язку до 1

-ІГНУРАЙТЕ "шаблон" явне падіння: ігнорувати атоми, виділені шаблоном

-ДОЧО
розпізнати CH..O Hbonds

-ЧО#.#
масштабний коефіцієнт для оцінки CH..O Hbond (за замовчуванням=0.5)

-PolarH
використовувати короткі радіуси полярного водню (за замовчуванням)

-NOPolarH
не скорочують радіуси полярного водню

-NOFACEhbond не ідентифікуйте H-зв'язки до ароматичних граней

-Назва "name" вказує назву групи (за замовчуванням "точки")

-DOTMASTER
назва групи використовується як додатковий master={name} у списках

-NOGroup
не генеруйте оператор @group у форматі .kin

-KINimage
додайте оператор @kinemage 1 до початку виводу у форматі .kin

- Рахунки
створити кількість точок, а не список точок

-Неоформлені
вивести необроблену інформацію про точки

ім'я:pat:type:srcAtom:targAtom:mingap:gap:spX:
spY:spZ:spikeLen:score:stype:ttype:x:y:z:sBval:tBval:

-ОФОРМАТ
вихідну інформацію про точку, відформатовану для відображення в O

-XVFORMAT
вихідна інформація про точки, відформатована для відображення в XtalView

-ONELINE
вивести один рядок :contacts:by:severity:type:

-GAPcolor
кольорові точки за кількістю проміжків (за замовчуванням)

-ATOMcolor
кольорові точки за типом атома

- ОСНОВНИЙ колір
кольорові точки за типом основи нуклеїнової кислоти

-COLORBase
кольорові точки за розривом і типом основи нуклеїнової кислоти

-КОЛІР, колір "name" вказує колір точки для -ВИХІД (за замовчуванням "сірий")

-Вага GAP#
встановити вагу для оцінки пропусків (за замовчуванням 0.25)

-Вага BUMP# встановити відносну шкалу для оцінки ударів (за замовчуванням 10.0)

-Вага HB#
встановити відносну шкалу для оцінки Hbonds (за замовчуванням 4.0)

-DIVLow#.#
Розділ для категорій Bump (за замовчуванням -0.4)

-DIVHigh#.#
Відділ для категорій контактів (за замовчуванням 0.25)

- МІНОЗАСЕДАННЯ#.#
Заповнюваність нижче цього дорівнює нулю (за замовчуванням 0.02)

-ЕЛЕМЕНТ
додати основні кнопки для різних елементів у виводі kin

-НІ
не виводьте контакти для HBonds

-NOCLASHOUT
не виводьте контакти для зіткнень

-NOVDWOUT
не виводити контакти для ван-дер-ваальсових взаємодій

-ТІЛЬКИ БАД
onlybadout виводить погані зіткнення (значне перекриття контактів)

- РЕЗЮМЕ
вивести зведений список контактів і зіткнень

-ONELINE
вивести підсумковий список в один рядок

-ПОМІТКИ
не відображати мітку назви залишку під час обробки

-STDBONDs
припускати лише стандартні схеми склеювання в стандартних залишках

-НЕМАТИ
не зв'язують водень на основі таблиці вихідних важких атомів

-СЕГІД використовуйте поле PDB SegID для розрізнення залишків

-ОЛДУ створити старий стиль -u вихід: kissEdge2BullsEye тощо

-Детально
докладний режим (за замовчуванням)

-Довідка
відобразити довідковий рядок

-ЗМІНИ
відобразити список змін програми

-Спокійно тихий режим

-Допоможіть показати розширену довідку (включає інші позначки)

-ВЕРСІЯ
однорядкова версія до стандартного виведення

Елементи шаблону: (повинні бути взяті в лапки в командному рядку)

ФАЙЛ № у файлі №

МОДЕЛЬ № в рамках моделі №

ЧАЙНАА
всередині ланцюга а

СЕГаааа
ідентифікатор сегмента aaaa (де _ порожняє)

Альтернативна конформація ALTa a

АТОМаааа
ім'я атома aaaa (де _ означає пробіл) (всі 4 символи використовуються, щоб H було
ATOM_H__)

RESaaa залишок aaa

#залишок #

#a залишок #, вставте a

#-# діапазон залишків # (вставити коди ігноруються)

тип залишку за однолітерним кодом (наприклад, y)

aaa тип залишку за трьома літерними кодами (наприклад, tyr)

ВСЕ, БІЛК, MC, SC, ОСНОВА, АЛЬФА, БЕТА, АЗОТ, ВУГЛЕВО,
КИСЕНЬ, СІРКА, ФОСФОР, ВОДЕНЬ, МЕТАЛ, ПОЛЯР,
НЕПОЛЯРНИЙ, ЗАРЯДЖЕНИЙ, ДОНОР, АКЦЕПТОР, АРОМАТИЧНИЙ, МЕТИЛ, ГЕТ, ВОДА, ДНК, РНК

всі або підмножина атомів

OLT# Заповнюваність менше ніж # (цілі відсотки)

OGT# Заповнюваність більше ніж # (цілі відсотки)

BLT# B-значення менше # (ціле)

BGT# B-значення більше # (ціле)

INSa Вставте код a (де _ означає пусте)

У межах #.# ВІД #.#, #.#, #.#
атоми на відстані від точки

Шаблони можна об'єднати в списки, розділені комами, наприклад "trp,phe,tyr" значення
TRP або PHE або TYR.

Усі шаблони, розділені пробілами, мають бути істинними, наприклад "ланцюжок 1-5", що означає
залишки від 1 до 5 в ланцюзі B.

Ви також можете згрупувати шаблони за допомогою дужок, відокремити кілька шаблонів за допомогою |
значення 'або' і виберіть доповнення з NOT як у "не файл1", що означає не в
файл 1.

Файл autobondrot подібний до інших вхідних файлів PDB, але він містить інформацію
виявлення атомів, що піддаються обертанням та іншим перетворенням.

Приклад фрагмента файлу autobondrot, що показує поворот зв’язку Calpha-Cbeta та періодичний
функція штрафу кручення для цього обертання

ATOM 1 CB TYR 61 34.219 17.937 4.659 1.00 0.00

bondrot:chi1:78.7:
0:359:5:33.138:18.517: 5.531:34.219:17.937: 4.659

cos:-3:60:3: ATOM 1 1HB TYR 61 34.766 18.777 4.206 1.00 0.00
ATOM 1 2HB TYR 61 34.927 17.409 5.315 1.00 0.00 ATOM 1 CG
61 TYR 33.836 16.989 3.546 1.00 0.00 ...

Команди Autobondrot використовують двокрапки для розділення значень. Трансформації:
BONDROT:id:currAng:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

TRANS: id:currpos:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

NULL # манекен

Функції зміщення:
COS:scale:phaseOffset:frequency POLY:scale:offset:polynomialDegree CONST:значення

Розгалуження:
ЗБЕРЕГТИ та ВІДНОВИТИ або "(" і ")"

(наприклад, для повороту кожного Chi і метилів для ізолейцину

послідовність: rotChi1/SAVE/rotChi2/rotCD1/RESTORE/rotCG2)

Встановити орієнтацію: GO:angle1:angle2:... Включити файли: @filename Коментарі:
# текст коментаря

зонд: версія 2.13.110909, авторське право 1996-2011, J. Michael Word

Використовуйте king-probe онлайн за допомогою служб onworks.net