macs2_bdgdiff - Інтернет у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

macs2_bdgdiff - Аналіз на основі моделі для ChIP-секвенування

ОПИС

використання: macs2 bdgdiff [-h] --t1 T1BDG --t2 T2BDG --c1 C1BDG --c2 C2BDG

[-C CUTOFF] [-l MINLEN] [-g MAXGAP] [--d1 ГЛИБИНА1]
[--d2 DEPTH2] [--outdir OUTDIR] (--o-префікс OPREFIX | -o ОФІЛ ОФІЛ ОФІЛ)

необов'язковий аргументи:
-h, --допомога
показати це повідомлення довідки та вийти

--t1 T1BDG
MACS pileup bedGraph для стану 1. Несумісний з callpeak --SPMR вихід.
ВИМАГАЄТЬСЯ

--t2 T2BDG
MACS pileup bedGraph для стану 2. Несумісний з callpeak --SPMR вихід.
ВИМАГАЄТЬСЯ

--c1 C1BDG
MACS контроль lambda bedGraph для умови 1. Несумісний з callpeak --SPMR
вихід. ВИМАГАЄТЬСЯ

--c2 C2BDG
MACS контроль lambda bedGraph для умови 2. Несумісний з callpeak --SPMR
вихід. ВИМАГАЄТЬСЯ

-C ВІДРІЗАТИ, --відрізати ВІДРІЗАТИ
відсічення logLR. ЗА УМОВЧАННЯМ: 3 (коефіцієнт ймовірності=1000)

-l МІНЛЕН, --мін-лен МІНЛЕН
Мінімальна довжина диференціальної області. Спробуйте збільшити значення, щоб видалити невеликі регіони.
За замовчуванням: 200

-g MAXGAP, --максимальний розрив MAXGAP
Максимальний розрив для злиття сусідніх диференціальних областей. Розглянемо ширший проміжок для широкого
позначки. Максимальний зазор повинен бути меншим за мінімальну довжину (-g). ЗА УМОВЧАННЯМ: 100

--d1 ГЛИБИНА 1, --глибина1 ГЛИБИНА 1
Глибина послідовності (кількість ненадлишкових читань у мільйонах) для умови 1. Це буде
використовується разом з --d2. Дивіться опис для --d2 Нижче описано, як їх призначити.
Default: 1

--d2 ГЛИБИНА 2, --глибина2 ГЛИБИНА 2
Глибина послідовності (кількість ненадлишкових читань у мільйонах) для умови 2. Це буде
використовується разом з --d1. DEPTH1 і DEPTH2 будуть використовуватися для обчислення масштабування
фактор для кожної вибірки, щоб зменшити масштаб більшої вибірки до рівня меншої.
Наприклад, порівнюючи 10 мільйонів умови 1 і 20 мільйонів умови 2, використовуйте
--d1 10 --d2 20, то значення нагромадження в bedGraph для умови 2 буде поділено на
2. За замовчуванням: 1

-- outdir OUTDIR
Якщо вказано, всі вихідні файли будуть записані в цей каталог. За замовчуванням: the
поточний робочий каталог

--o-префікс OPREFIX
Префікс вихідного файлу. Фактичні файли будуть називатися PREFIX_cond1.bed,
PREFIX_cond2.bed і PREFIX_common.bed. Взаємовиключні з -o/--файл.

-o ОФІЛ ОФІЛ ОФІЛ, --файл ОФІЛЕ ОФІЛЕ ОФІЛЕ
Вивести імена файлів. Необхідно вказати три аргументи по порядку: 1. файл для унікальних регіонів у
умова 1; 2. файл для унікальних регіонів у умові 2; 3. файл для загальних регіонів
в обох умовах. Примітка: взаємовиключні з --o-префікс.

Використовуйте macs2_bdgdiff онлайн за допомогою служб onworks.net