Це команда macs2_bdgopt, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн емулятор Windows або онлайн емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
macs2_bdgopt - Аналіз на основі моделі для ChIP-секвенування
ОПИС
використання: macs2 bdgopt [-h] -i IFILE [-m {помножити,додати,p2q}]
[-p [ДОДАТКОВИЙ ПАРАМЕТР [ДОДАТКОВИЙ ПАРАМЕТР ...]]] [--outdir OUTDIR] -o
OFILE
необов'язковий аргументи:
-h, --допомога
показати це повідомлення довідки та вийти
-i IFILE, --file IFILE
Оцінка MACS у bedGraph. Примітка: це має бути файл bedGraph, що охоплює ВСЕ
геном. ВИМАГАЄТЬСЯ
-m {помножити, додати, p2q}, --метод {помножити, додати, p2q}
Метод зміни стовпця оцінки у файлі bedGraph. Доступні варіанти:
помножити, додати або p2q. 1) помножте, ЕКСТРАПАРАМ необхідний і буде
помножено на стовпець балів. Якщо ви збираєтеся розділити стовпець оцінок на X, використовуйте
значення 1/X як EXTRAPARAM. 2) додати, EXTRAPARAM є обов'язковим і буде додано до
стовпець оцінок. Якщо ви маєте намір відняти стовпець оцінки на X, використовуйте значення -X
як ЕКСТРАПАРАМ. 3) p2q, це призведе до перетворення оцінок p-value в оцінки q-value за допомогою
Процес Бенджаміні-Гохберга. EXTRAPARAM не потрібен. Цей метод передбачає
бали є - журнал 10 p-значення з MACS2. Будь-які інші типи оцінок призведуть
несподівані помилки.
-p [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]], --екстрапарам [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]]
Додатковий параметр для METHOD. Перевірте деталі -m варіант.
-- outdir OUTDIR
Якщо вказано, всі вихідні файли будуть записані в цей каталог. За замовчуванням: the
поточний робочий каталог
-o OFILE, --файл OFILE
Вивести ім’я файлу BEDGraph.
Використовуйте macs2_bdgopt онлайн за допомогою служб onworks.net
