Це команда mauveToXMFA, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
addUnalignedIntervals - частина пакета mauveAligner
alignmentProjector - частина пакета mauveAligner
backbone_global_to_local - частина пакета mauveAligner
bbAnalyze - частина пакета mauveAligner
createBackboneMFA - частина пакета mauveAligner
getAlignmentWindows - частина пакета mauveAligner
getOrthologList - частина пакета mauveAligner
makeBadgerMatrix - частина пакета mauveAligner
mauveToXMFA - частина пакета mauveAligner
mfa2xmfa - частина пакета mauveAligner
projectAndStrip - частина пакета mauveAligner
randomGeneSample - частина пакета mauveAligner
scoreAlignment - частина пакета mauveAligner
stripGapColumns - частина пакета mauveAligner
stripSubsetLCBs - частина пакета mauveAligner
toGrimmFormat - частина пакета mauveAligner
toMultiFastA - частина пакета mauveAligner
toRawSequence - частина пакета mauveAligner
uniqueMerCount - частина пакета mauveAligner
uniquifyTrees - частина пакета mauveAligner
xmfa2maf - частина пакета mauveAligner
ОПИС
Ці інструменти належать до пакету mauveAligner. Вони явно не задокументовані, але
друкують рядок конспекту, який тут повторюється.
addUnalignedIntervals <вхід інтервал файл> <вихід інтервал файл>
вирівнювання проектор <вхід xmfa> <вихід xmfa> <mfa далі введення> <mfa далі вихід> <список of
сек до включати, початок at 0>
backbone_global_to_local <xmfa файл> <хребет файл> <вихід файл>
bbАналізуйте <xmfa файл> <довідник дерево> <хребет seqpos файл> <хребет з файл> <анотований
далі індекс> <вихід файл>
анотований індекс послідовності починається з 0.
createBackboneMFA <вхід інтервал файл> <вихід МЗС ім'я>
getAlignmentWindows <XMFA вирівнювання> <вікно довжина> <вікно зсув сума> <база вихід
ім'я файлу>
отримати OrthologList отримати OrthologList <вхід xmfa> <хребет далі файл> <посилання геном> <CDS
ортолог ім'я файлу> <CDS вирівнювання база ім'я>
makeBadgerMatrix makeBadgerMatrix <вхід xmfa> <вихід борсук файл> <LCB координувати файл>
mauveToXMFA mauveToXMFA <Любовий Вирівнювання введення> <XMFA вихід>
mfa2xmfa <МЗС вирівнювання введення> <XMFA вирівнювання вихід> [Невирівняно ШвидкийА вихід]
projectAndStrip <вхід xmfa> <вихід xmfa> ...
Ідентифікатори числової послідовності починаються з 0.
randomGeneSample <вхід xmfa> <хребет далі файл> <зразок геном> <номер of гени>
<вихід база ім'я> [випадковий насіння]
scoreAlignment <правильно вирівнювання> <розраховано вирівнювання> [розвивався послідовність файл] [слаган]
stripGapColumns <вхід XMFA> <вихід XMFA>
stripSubsetLCBs <вхід xmfa> <вхід bbcols> <вихід xmfa> [хв AML ви] [хв геноми]
[випадково підвибірка до X kb]
toGrimmFormat <Любовий Вирівнювання> <геном 1 хр довжина>... N хр довжини>
toMultiFastA <вхід інтервал файл> <вихід база ім'я>
toRawSequence <вхід послідовність> <вихід файл>
uniqueMerCount <Відсортовано Більш Список>
uniquifyДерева <nexus вхід файл> <nexus вихід файл>
Усі дерева у вхідному файлі повинні мати однакову кількість таксонів і однаковий таксон
етикетки
xmfa2maf <xmfa введення> <maf вихід>
Використовуйте mauveToXMFA онлайн за допомогою служб onworks.net
