Meryl - Онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

meryl - підрахунок кілометрів і комунальні послуги

СИНТАКСИС

Оцінка пам'ять вимога
Меріл -P -m км [-c #] [-p] -s seq.fasta

Меріл -P -m км [-c #] [-p] -n mercount

Створюємо a таблиця
Меріл -B -m км [-c #] [-p] [-v] [-f|-r|-C] [-L неповноцінність] [-U максимальна частота]
[-нитки n | {- сегменти сегменти | -пам'ять мегабайт} [-configbatch [-sge назва роботи]]]
-s seq.fasta -o tblprefix

Меріл - підрахунок партії номер [-sgebuild "qsuboptionstring"] -o tblprefix

Меріл - пакет злиття номер [-sgemerge "qsuboptionstring"] -o tblprefix

Виконання операції on a таблиця
Меріл -M операція [-v] -s tblprefix [-s tblprefix2 ...] -o вихід

Демпінг a таблиця
Меріл -Dh -s tblprefix

Меріл -Dt -n mincount -s tblprefix

ОПИС

Меріл обчислює вміст кмера в геномних послідовностях. Вміст Kmer представлено як a
список кілометрів і кількість разів, коли кожен з них зустрічається у вхідних послідовностях. Кмер може бути
обмежено лише прямим кмером, лише зворотним кмером або канонічним кмером
(лексикографічно менший із прямого та зворотного кмера в кожному місці). Мерил може
повідомити гістограму підрахунків, список кілометрів та їх кількість або може виконувати
математичні та набірні операції над обробленими файлами даних.

Вихідні дані Меріл це два бінарні файли, які називаються базою даних Meryl, які можна швидко створити
скидається, щоб надати гістограму підрахунків або фактичних підрахунків. Постачається бібліотека C++
для прямого доступу до файлів.

ВАРІАНТИ

-P Оцініть потреби в пам’яті. Дано файл послідовності (-s) або верхня межа
кількість mers у файлі (-n), обчислити розмір таблиці (-t у збірці), щоб мінімізувати
використання пам'яті. Цей режим розпізнає такі параметри:

-m # розмір mer (обов'язково)

-c # гомополімерне стиснення (опціонально)

-p увімкнути позиції

-s seq.fasta
Файл послідовності, який потрібно сканувати, щоб визначити кількість mers

-n # обчислити параметри, припускаючи, що файл із такою кількістю mers у ньому

Тільки один із -s, -n необхідно уточнити. Якщо дано обидва, -s має пріоритет.

-B Обчисліть таблиці mer-count за допомогою файлу послідовності (-s) і багато параметрів. За
за замовчуванням обробляються обидва пасма.

-f створювати тільки для переднього пасма

-r нарощувати тільки для зворотного пасма

-C використовувати канонічні mers (передбачає обидві нитки)

-L # НЕ зберігати mers, які трапляються менше ніж # разів

-U # НЕ зберігайте mers, які трапляються більше ніж # разів

-m # розмір mer (обов'язково)

-c # гомополімерне стиснення (опціонально)

-p увімкнути позиції

-s seq.fasta
послідовність для побудови таблиці

-o tblprefix
префікс вихідної таблиці

-v розважати користувача

Команда Меріл процес може виконуватися в одному великому пакеті пам'яті, у багатьох невеликих пакетах пам'яті,
або під керуванням SGE, всі з або без використання кількох ядер ЦП. За замовчуванням,
обчислення виконуються як один великий послідовний процес. Багатопотокова операція
можливо, при додатковому витраті пам'яті, як сегментована операція, при додатковому
Витрати на введення-виведення.

Нитка операція
Розділіть підрахунок на n частин майже однакового розміру. Для цього використовується доп
h МБ (від -P) за нитку.

-нитки n
використання n нитки для побудови

сегментований, послідовний операція
Розділіть підрахунок на частини, які вміщаються не більше ніж у m МБ
пам'яті або на n частин однакового розміру. Кожна частина обчислюється послідовно,
і результати об’єднуються в кінці. Тільки один з -пам'ять та - сегменти is
необхідний

-пам'ять m
використовувати максимум m МБ пам'яті на сегмент

- сегменти n
використання n сегменти

сегментований, дозований операція
Те саме, що і послідовний, за винятком того, що це дозволяє виконувати кожен сегмент вручну
паралельно. Тільки один із -пам'ять та - сегменти потрібен. Також див
приклад розділ на цій сторінці.

-пам'ять m
використовувати максимум m МБ пам'яті на сегмент

- сегменти n
використання n сегменти

-configbatch
створювати партії

- підрахунок партії n
номер запуску партії n

- пакет злиття
об’єднати партії

Пакетний режим може працювати в сітці.

-sge назва роботи
унікальна назва завдання для цього виконання. Мерил подаватиме вакансії з назвою
mpназва роботи, ncназва роботи, нмназва роботи, для фаз підготуйте, підрахуйте та об’єднайте.

-sgebuild "опції"

-sgemerge "опції"
будь-які додаткові опції qsub(1) (наприклад, "-p -153 -пе нитка 2 -A
merylaccount") NB - -N буде проігноровано. Примітка - обов'язково процитуйте
опції

-M Отримавши список таблиць, виконайте математичну, логічну чи порогову операцію. Хіба що
якщо зазначено, всі операції виконують будь-яку кількість баз даних. Математичні операції - це:

хвилин count — це мінімальна кількість для всіх баз даних. Якщо mer НЕ існує в
у всіх базах даних mer має нульовий рахунок і НЕ входить у вихідні дані.

Minexist
count – це мінімальна кількість для всіх баз даних, які містять mer

Макс count – це максимальна кількість для всіх баз даних

додавати count - це сума лічильників для всіх баз даних

нижче count - це перший мінус другий (тільки двійковий)

ABS count – це абсолютне значення першого мінус друге (тільки двійковий)

Логічними операціями є:

та виводить mer, якщо він існує у всіх базах даних

нанд виводить mer, якщо він існує принаймні в одній, але не у всіх базах даних

or виводить mer, якщо він існує принаймні в одній базі даних

xor виводить mer, якщо він існує в непарній кількості баз даних

Пороговими операціями є:

менше ніж x
виводить mer, якщо він має кількість < x

менше ніжоднаково x
виводить mer, якщо він має кількість <= x

більше ніж x
виводить mer, якщо він має кількість > x

більше, ніж рівно x
виводить mer, якщо він має кількість >= x

рівним x
виводить mer, якщо він має count == x

Порогові операції працюють точно з однією базою даних.

-s tblprefix
використання tblprefix як база даних

-o tblprefix
створити цей вихід

-v розважати користувача

-D Дамп-таблиця (не всі з них працюють)

-Дд Дайте гістограму відстані між тими самими мерами.

-Dt Дамп mers >= поріг. Використовуйте -n щоб вказати поріг.

-Dc Підрахуйте кількість мер, окремих мер і унікальних мер.

-Dh Дамп (у стандартний вихід) гістограми mer counts.

-s Прочитайте таблицю підрахунку звідси (залиште .mcdat або .mcidx).

приклад

Партія створення of a таблиця
Ініціалізуйте обчислення за допомогою -configbatch, для якого потрібні всі параметри збірки. Виконати все
- підрахунок партії то робочі місця - пакет злиття , Щоб закінчити.

Меріл -configbatch -B [параметри] -o файл
Меріл - підрахунок партії 0 -o файл
Меріл - підрахунок партії 1 -o файл
...
Меріл - підрахунок партії N -o файл
Меріл - пакет злиття N -o файл

Використовуйте meryl онлайн за допомогою служб onworks.net