mia-3dbrainextractT1 - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

mia-3dbrainextractT1 - Витягніть мозок із зображення голови 3D T1 МРТ.

СИНТАКСИС

mia-3dbraineextractT1 -i -o [параметри]

ОПИС

mia-3dbraineextractT1 Ця програма використовується для вилучення мозку з МР-зображень T1. Це перше
запускає комбіновану нечітку кластеризацію c-середніх і корекцію B-поля для полегшення 3D
сегментація 3D-зображення. Потім проводять різні монтери для отримання білої речовини
сегментація як початкова маска, яка потім використовується для запуску області, що зростає, щоб отримати маску
весь мозок. Нарешті, ця маска використовується для вилучення мозку з поля В0
виправлені зображення.

ВАРІАНТИ

-i --in-file=(вхід, обов'язковий); io
вхідні зображення, які потрібно сегментувати. Про підтримувані типи файлів див
ПЛАГІНИ: 3dimage/io

-o --out-file=(вихід, обов'язковий); io
brain mask Для підтримуваних типів файлів див. ПЛАГІНИ:3dimage/io

-n --no-of-class=3
кількість класівкількість класів

-w --wm-клас=2
індекс білої речовиниіндекс білої речовини

-p --wm-prob=0.7
Імовірність класу білої речовини для створення початкової маски Клас білої речовини
ймовірність створення початкової маски

-t --grow-threshold=20
порог інтенсивності для регіону, що зростає, поріг інтенсивності для зростання регіону

--grow-shape=18n
околиці маска регіон вирощування

Документи & інформація
-V --verbose=попередження
детальність виводу, друк повідомлень заданого рівня та вищих пріоритетів.
Підтримувані пріоритети, починаючи з найнижчого рівня:
інформація - Повідомлення низького рівня
простежувати ‐ Трасування виклику функції
невдача - Повідомляйте про помилки тестування
попередження - Попередження
помилка - Повідомити про помилки
відлагоджувати ‐ Вихід налагодження
повідомлення - Звичайні повідомлення
фатальний - Повідомляйте лише про фатальні помилки

-- авторське право
роздрукувати інформацію про авторські права

-h --допомога
роздрукувати цю довідку

-? --використання
надрукувати коротку довідку

-- версія
надрукувати номер версії та вийти

Обробка
--threads=-1
Максимальна кількість потоків для обробки, це число має бути меншим
або дорівнює кількості ядер логічного процесора в машині. (-1:
автоматична оцінка).Максимальна кількість потоків для обробки,Це
число має бути меншим або дорівнювати кількості ядер логічного процесора в
машина. (-1: автоматична оцінка).

ПЛАГІНИ: 3dimage/io

аналізувати Проаналізуйте зображення 7.5

Розпізнані розширення файлів: .HDR, .hdr

Підтримувані типи елементів:
без знака 8 біт, зі знаком 16 біт, зі знаком 32 біт, з плаваючою комою 32 біт,
з плаваючою комою 64 біт

пул даних Віртуальний IO до та з внутрішнього пулу даних

Розпізнані розширення файлів: .@

dicom Серія зображень Dicom у вигляді 3D

Розпізнані розширення файлів: .DCM, .dcm

Підтримувані типи елементів:
зі знаком 16 біт, без знаку 16 біт

hdf5 HDF5 3D зображення IO

Розпізнані розширення файлів: .H5, .h5

Підтримувані типи елементів:
двійкові дані, 8 біт зі знаком, 8 біт без знака, 16 біт зі знаком, 16 біт без знака,
32-розрядний зі знаком, 32-розрядний без знака, 64-розрядний зі знаком, 64-розрядний без знака, плаваючий
точка 32 біт, з плаваючою комою 64 біт

інрія Зображення INRIA

Розпізнані розширення файлів: .INR, .inr

Підтримувані типи елементів:
8 біт зі знаком, 8 біт без знаку, 16 біт зі знаком, 16 біт без знака, 32 зі знаком
біт, беззнаковий 32 біт, з плаваючою комою 32 біт, з плаваючою комою 64 біт

mhd MetaIO 3D image IO з використанням реалізації VTK (експериментальний).

Розпізнані розширення файлів: .MHA, .MHD, .mha, .mhd

Підтримувані типи елементів:
8 біт зі знаком, 8 біт без знаку, 16 біт зі знаком, 16 біт без знака, 32 зі знаком
біт, беззнаковий 32 біт, з плаваючою комою 32 біт, з плаваючою комою 64 біт

nifti NIFTI-1 3D зображення IO

Розпізнані розширення файлів: .NII, .nii

Підтримувані типи елементів:
8 біт зі знаком, 8 біт без знаку, 16 біт зі знаком, 16 біт без знака, 32 зі знаком
біт, 32-розрядний без знака, 64-розрядний зі знаком, 64-розрядний без знака, з плаваючою комою 32
біт, з плаваючою комою 64 біт

vff VFF Sun растровий формат

Розпізнані розширення файлів: .VFF, .vff

Підтримувані типи елементів:
без знака 8 біт, зі знаком 16 біт

перспектива 3D-перегляд

Розпізнані розширення файлів: .V, .VISTA, .v, .vista

Підтримувані типи елементів:
двійкові дані, 8 біт зі знаком, 8 біт без знака, 16 біт зі знаком, 16 біт без знака,
32 біт зі знаком, 32 біт без знаку, 32 біт з плаваючою комою, 64 з плаваючою комою
біт

vti Вхід і вихід 3D-зображення VTK-XML (експериментальний).

Розпізнані розширення файлів: .VTI, .vti

Підтримувані типи елементів:
8 біт зі знаком, 8 біт без знаку, 16 біт зі знаком, 16 біт без знака, 32 зі знаком
біт, беззнаковий 32 біт, з плаваючою комою 32 біт, з плаваючою комою 64 біт

vtk 3D VTK зображення застарілих вхід і вихід (експериментальний).

Розпізнані розширення файлів: .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage

Підтримувані типи елементів:
двійкові дані, 8 біт зі знаком, 8 біт без знака, 16 біт зі знаком, 16 біт без знака,
32 біт зі знаком, 32 біт без знаку, 32 біт з плаваючою комою, 64 з плаваючою комою
біт

приклад

Створіть маску з вхідного зображення, запустивши 5-класову сегментацію над вхідним зображенням
input.v і використовуйте клас 4 як клас білої речовини та збережіть замасковане зображення в masked.v і
зображення, виправлене полем B0 в b0.v

mia-3dbraineextractT1 -i input.v -n 5 -w 4 -o masked.v

АВТОР(и)

Герт Волний

АВТОРСЬКЕ

Авторське право на це програмне забезпечення (c) 1999-2015, Лейпциг, Німеччина та Мадрид, Іспанія. Воно приходить
без АБСОЛЮТНО НІ ГАРАНТІЙ, і ви можете розповсюджувати його відповідно до умов GNU
ЗАГАЛЬНА ПУБЛІЧНА ЛІЦЕНЗІЯ Версія 3 (або новіша). Для отримання додаткової інформації запустіть програму за допомогою
параметр '--copyright'.

Використовуйте mia-3dbrainextractT1 онлайн за допомогою служб onworks.net