Це міні-карта команди, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
minimap - швидке відображення між довгими послідовностями ДНК
СИНТАКСИС
міні-карта [-lSOV] [-k kmer] [-w winSize] [-I розмір партії] [-d dumpFile] [-f occThres] [-r
пропускна здатність] [-m minShared] [-c minCount] [-L minMatch] [-g maxGap] [-T dustThres] [-t
nThreads] [-x заданої] target.fa query.fa > вихід.paf
ОПИС
Мінімальна карта — це інструмент для ефективного пошуку кількох приблизних положень відображення між двома
набори довгих послідовностей, наприклад між зчитуванням і еталонними геномами, між геномами і
між довгими шумними читаннями. Мінікарта має фазу індексації та відображення. В індексації
фазі, він збирає всі мінімізери великої партії цільових послідовностей в хеш-таблицю; в
на фазі відображення, він визначає хороші кластери колінеарних звернень мінімізера. Мінікарта робить
не генерувати детальні вирівнювання між цільовою і запитовою послідовностями. Це тільки
виводить приблизні координати початку та кінця цих кластерів.
ВАРІАНТИ
Індексація опції
-k INT Мінімізатор довжини k-mer [15]
-w INT Розмір вікна мінімізатора [2/3 довжини k-mer]. Мінімізатор — це найменший k-mer
у вікні з w послідовних k-мерів.
-I NUM Максимальне навантаження NUM цільові бази в оперативну пам’ять для індексації [4G]. Якщо їх більше ніж
NUM бази в target.fa, потрібно прочитати міні-карту query.fa кілька разів, щоб відобразити його
проти кожної партії цільових послідовностей. NUM може закінчуватися на k/K/m/M/g/G.
-d Фото Дамп мінімізатора індексу до Фото [без дампу]
-l Вкажіть це target.fa насправді є індексом мінімізатора, створеним опцією -d, Чи не
файл FASTA або FASTQ.
Карт опції
-f ПЛОС Ігноруйте верхню частину ПЛОС частка найбільш поширених мінімізерів [0.001]
-r INT Приблизна пропускна здатність для кластеризації початкових звернень мінімізатора [500]. А мінімізер
удар є мінімізатором, присутнім як у цільовій послідовності, так і в послідовності запиту. А мінімізер
удар кластер являє собою групу потенційно колінеарних мінімізаторів попадань між ціллю
і послідовність запитів.
-m ПЛОС Об’єднати початкові кластери попадань мінімізера if ПЛОС або більша частка мінімізерів
розподіляються між кластерами [0.5]
-c INT Збережіть кластер звернень мінімізатора, якщо він містить INT або більше хітів мінімізера [4]
-L INT Відкиньте кластер попадання мінімізера, якщо після колінеаризації кількість збігів
бази нижче INT [40]. Цей параметр в основному зменшує розмір виходу. Це має
незначний вплив на швидкість і пік пам'яті.
-g INT Розділіть кластер звернень мінімізера на проміжок INT-bp або довше, що не містить
будь-які звернення до мінімуму [10000]
-T INT Маскувати регіони в послідовностях запитів з порогом оцінки SDUST INT; 0, щоб вимкнути
[0]. SDUST – це алгоритм для визначення підпослідовностей низької складності. Це не
увімкнено за замовчуванням. Якщо бажано SDUST, значення від 20 до 25
рекомендовано. Вищий поріг маскує менше послідовностей.
-S Виконайте зіставлення всіх проти всіх. У цьому режимі, якщо ім’я послідовності запиту є
лексикографічно більше, ніж назва цільової послідовності, збіги між ними
будуть придушені; якщо ім'я послідовності запиту збігається з ім'ям цільової групи,
Діагональний мінімізер також буде придушений.
-O Відкиньте удар мінімізатора, якщо він знаходиться далеко від інших ударів (ЕКСПЕРИМЕНТАЛЬНО). Це
Опція корисна для картування довгих хромосом двох видів, що розходяться.
-x STR Зміна кількох налаштувань на основі STR [не встановлено]. Рекомендується застосовувати
ця опція перед іншими параметрами, так що наступні параметри можуть замінити
кілька налаштувань, змінених цією опцією.
ava10k для PacBio або Oxford Nanopore all-vs-all read mapping (-Sw5 -L100 -m0).
Вхід / вихід опції
-t INT Кількість ниток [3]. Мінімальна карта використовує не більше трьох потоків під час збирання
мінімізує цільові послідовності та використовує до INT+1 потокам під час зіставлення (
додатковий потік призначений для вводу-виводу, який часто простоює і займає мало часу ЦП).
-V Роздрукувати номер версії в стандартний виведення
ВИХІД ФОРМАТ
Мінімальна карта виводить позиції відображення у форматі парного відображення (PAF). PAF - це TAB-
текстовий формат із роздільниками, у якому кожен рядок складається щонайменше з 12 полів, як описано в
наступну таблицю:
┌────┬────────┬─────────────────────────────────── ───────────────────────────┐
│Col │ тип │ Опис │
├────┼────────┼────────────────────────────────── ───────────────────────────┤
│ 1 │ рядок │ Назва послідовності запиту │
│ 2 │ int │ Довжина послідовності запиту │
│ 3 │ int │ Початкова координата запиту (на основі 0) │
│ 4 │ int │ Кінцева координата запиту (на основі 0) │
│ 5 │ char │ `+', якщо запит і ціль на одному рядку; `-', якщо навпаки │
│ 6 │ рядок │ Назва цільової послідовності │
│ 7 │ int │ Довжина цільової послідовності │
│ 8 │ int │ Початкова координата цілі на вихідній нитці │
│ 9 │ int │ Кінцева координата цілі на вихідній нитці │
│ 10 │ int │ Кількість відповідних основ у відображенні │
│ 11 │ int │ Основи чисел, включаючи пропуски, у відображенні │
│ 12 │ int │ Якість відображення (0-255 з 255 для відсутніх) │
└────┴────────┴─────────────────────────────────── ───────────────────────────┘
Якщо вирівнювання доступне, у стовпці 11 вказується загальна кількість збігів послідовності,
невідповідності та прогалини у вирівнюванні; стовпець 10, поділений на стовпець 11, дає вирівнювання
ідентичність. Оскільки міні-карта не створює детального вирівнювання, ці два стовпці є
приблизний. PAF за бажанням може мати додаткові поля у введеному ключ-значення, схожому на SAM
формат. Minimap записує кількість звернень мінімізера в кластері в тег cm.
Використовуйте міні-карту онлайн за допомогою служб onworks.net
