Це командний праймер, який можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks, використовуючи одну з наших численних безкоштовних онлайн-робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн- емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
праймери - Проста версія праймера 3 для вибору праймерів ПЛР
СИНТАКСИС
праймерів - послідовність seqall [-цільовий регіон діапазон] [- мінімальний розмір ціле] [- максимальний розмір ціле]
[-maxdifftm плавати] [-пояснити прапор boolean] [-число повернення ціле] - вихідний файл вихідний файл
праймерів -допомога
ОПИС
праймерів — це програма командного рядка від EMBOSS («Європейська молекулярна біологія Open
Пакет програмного забезпечення»). Це частина командної групи (груп) "Nucleic:Primers".
ВАРІАНТИ
вхід розділ
- послідовність seqall
Послідовність, з якої вибирати праймери. Послідовність має бути представлена 5' -> 3'
Додатковий розділ
-цільовий регіон діапазон
Якщо вказано одну або кілька цілей, то легальна пара праймерів повинна фланювати принаймні одну
їх. Ціль може бути сайтом простого повторення послідовності (наприклад, повтором CA) або
поліморфізм однієї пари підстав. Значенням має бути список, розділений пробілами
, пари де є індексом першої бази цілі та
є останнім Eg 50,51 вимагає праймерів, щоб оточувати 2 основи в позиціях 50
і 51.
- мінімальний розмір ціле
Мінімально допустима довжина грунтовки. Має бути більшим за 0 і меншим або рівним
до MAX-SIZE. Значення за замовчуванням: 18
- максимальний розмір ціле
Максимально допустима довжина (в основах) грунтовки. Наразі цей параметр не може бути
більше 35. Ця межа регулюється максимальним розміром оліго, для якого Primer3
дійсна температура плавлення. Значення за замовчуванням: 27
-maxdifftm плавати
Максимально допустима (беззнакова) різниця між температурами плавлення
прямі та зворотні праймери. Значення за замовчуванням: 100.0
Вихід розділ
-пояснити прапор boolean
Якщо цей прапор не-0, виведіть LEFT-EXPLAIN і RIGHT-EXPLAIN, які
призначений для надання інформації про кількість пар праймерів, які дослідив Primer3,
і статистичні дані щодо кількості викинутих з різних причин. Значення за замовчуванням: N
-число повернення ціле
Максимальна кількість пар праймерів для повернення. Повернені пари праймерів сортуються за
їх «якість», іншими словами, за значенням цільової функції (де нижче
число вказує на кращу пару праймерів). Увага: установіть цей параметр на великий
значення збільшить час роботи. Значення за замовчуванням: 5
- вихідний файл вихідний файл
Використовуйте Primerse онлайн за допомогою служб onworks.net
