Це команда seqaligne, яку можна запустити в безкоштовному хостинг-провайдері OnWorks за допомогою однієї з наших безкоштовних онлайн-робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
seqalign - розширює вирівнювання (файл DAF) за допомогою послідовностей (файл DHF).
СИНТАКСИС
seqalign -моде список -dhfinpath список каталогів -dafinpath список каталогів -dhfindir каталог -amode список
[-силовий тип boolean] -dafoutdir outdir -файл журналу вихідний файл
seqalign -допомога
ОПИС
seqalign — це програма командного рядка від EMBOSS («Європейська молекулярна біологія Open
Пакет програмного забезпечення»). Він є частиною командної групи (груп) "Білок: 3D-структура".
ВАРІАНТИ
вхід розділ
-моде список
Цей параметр визначає режим роботи SEQALIGN. SEQALIGN приймає як вхідні дані a
каталог будь-якого i. окремі послідовності, ii. набір послідовностей (невирівняних або вирівняних,
але зазвичай вирівняні послідовності у файлі вирівнювання домену)). Користувач повинен
уточніть який. Значення за замовчуванням: 1
-dhfinpath список каталогів
Цей параметр визначає розташування послідовностей, напр. Файли DHF (файли звернень до домену)
(вхід). SEQALIGN приймає як вхідні дані базу даних i. окремі послідовності, ii. набори
невирівняні послідовності або iii. набори вирівняних послідовностей, напр. файл вирівнювання домену. А
"файл вирівнювання домену" містить вирівнювання послідовності доменів, що належать до того самого
Сімейство SCOP або CATH. Файл у кластальному форматі з позначкою родини домену
відомості про класифікацію. Файли, створені за допомогою SCOPALIGN, міститимуть a
структурне вирівнювання послідовності тільки доменів відомої структури. Такі вирівнювання
можна розширити за допомогою родичів послідовності (невідомої структури) за допомогою SEQALIGN.
Значення за замовчуванням: ./
-dafinpath список каталогів
Цей параметр визначає розташування послідовностей, наприклад файлів DAF (вирівнювання домену
файли) (вхід). SEQALIGN приймає як вхідні дані базу даних i. окремі послідовності, ii.
набори невирівняних послідовностей або iii. набори вирівняних послідовностей, наприклад, вирівнювання домену
файл. "Файл вирівнювання домену" містить вирівнювання послідовності доменів, до яких належать
та сама сім'я SCOP або CATH. Файл у класальному форматі з анотацією домену
відомості про класифікацію сімей. Файли, створені за допомогою SCOPALIGN, будуть містити
вирівнювання послідовності на основі структури лише доменів відомої структури. Такий
вирівнювання можна розширити за допомогою родичів послідовності (невідомої структури) за допомогою
SEQALIGN. Значення за замовчуванням: ./
-dhfindir каталог
Цей параметр визначає розташування файлів DHF (файлів звернень до домену) (введення). Домен
файл звернень" містить звернення (послідовності) бази даних з інформацією про класифікацію домену,
у форматі DHF (FASTA або EMBL-like). Хіти є родичами SCOP або CATH
сімейства і знайдені в результаті пошуку в базі даних послідовностей. Файли, що містять хіти
отримані PSIBLAST, генеруються за допомогою SEQSEARCH. Значення за замовчуванням: ./
Вимагається розділ
-amode список
Цей параметр визначає, який алгоритм вирівнювання використовувати. Значення за замовчуванням: 1
Додатковий розділ
-силовий тип boolean
Цей параметр визначає, чи потрібно примусово використовувати мінімальні дані класифікації домену
записується у вихідний файл у випадках, коли синглетні послідовності були задані як вхідний файл
і немає даних класифікації. Значення за замовчуванням: N
Вихід розділ
-dafoutdir outdir
Цей параметр визначає розташування файлів DAF (файлів вирівнювання домену) (виведення). А
"файл вирівнювання домену" містить вирівнювання послідовності доменів, що належать до того самого
Сімейство SCOP або CATH. Файл у кластальному форматі з позначкою родини домену
відомості про класифікацію. Файли, створені за допомогою SCOPALIGN, міститимуть a
структурне вирівнювання послідовності тільки доменів відомої структури. Такі вирівнювання
можна розширити за допомогою родичів послідовності (невідомої структури) за допомогою SEQALIGN.
Значення за замовчуванням: ./
-файл журналу вихідний файл
Цей параметр визначає ім’я файлу журналу для збірки. Файл журналу містить
повідомлення про будь-які помилки, що виникають під час роботи SEQALIGN. Значення за замовчуванням: seqalign.log
Використовуйте seqaligne онлайн за допомогою сервісів onworks.net
