Це команда substitch.pl, яку можна запустити у безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks за допомогою однієї з наших безкоштовних онлайн-робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
substitch.pl -- Розділяти/об'єднувати файли стібків у/з файлів стібків
СИНТАКСИС
substitch.pl --split 5 allchromosomes.stitch #split великий стібок на 5 приблизно однакових частин
шматки
substitch.pl --project allspecies.seqs sub.anchors #проектувати деякі прив'язки в інший
координатний простір (поки послідовності компонентів стібка збігаються)
ВАРІАНТИ
--verbose => робить більш детальним --faketfidf => підроблені результати tfidf на основі статистики результатів у
файл
Примітка щодо поділу: ця програма не претендує на оптимальне поділ. Він намагається a
пару евристик, уточнює результати та вибирає найкраще розташування, знайдене на даний момент.
Технічно це варіація традиційної «проблеми упаковки багажника», яка є (при
принаймні в абстрактному випадку) NP-важко, якщо я правильно пам'ятаю 15-251. Цей конкретний
однак різноманітність упаковки багажника, здається, має бути вирішуваною швидше (у гіршому випадку деякі
n^k динамічне програмування, я думаю, але я впевнений, що цей спосіб швидший і легший
напишіть для 90% випадків там). Якщо хтось, хто це читає, скаже: «Ти, дурень, це так
було вирішено тисячу разів", будь ласка, дайте мені знати, як: [захищено електронною поштою]
Використовуйте substitch.pl онлайн за допомогою сервісів onworks.net
