Це програма для Linux під назвою GMcloser, останню версію якої можна завантажити як GMcloser-1.6.2.tar.gz. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою GMcloser з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
GMcloser
Ad
ОПИС
GMcloser заповнює та закриває прогалини, наявні в збірках каркаса, особливо ті, які генеруються збиранням de novo цілих геномів із зчитуванням секвенування наступного покоління (NGS). На відміну від інших інструментів ліквідації проміжків, які використовують лише зчитування NGS, GMcloser використовує попередньо зібрані набори contig або довгі набори читання як послідовності для ліквідації проміжків і використовує зчитування на парних кінцях (PE) і алгоритм, заснований на ймовірності, для підвищення точності та ефективності розриву. закриття. Ефективність закриття проміжку можна підвищити послідовними обробками різними наборами контигів.Супроводжуваний пакет, GMvalue, є інструментом для визначення місць неправильної збірки в контигах і каркасах. На відміну від інших пов’язаних інструментів, GMvalue може визначати категорії помилкового складання з кількома параметрами і може застосовуватися до збірок геному великого розміру. Використовуючи параметр -e, GMvalue також генерує безпомилкові збірки шляхом розщеплення або виправлення помилок.
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/gmcloser/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
