Це програма для Linux під назвою iCAS – система зборки клонів Illumina для роботи в Linux онлайн, останню версію якої можна завантажити як icas_v062.tar.bz2. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою iCAS – система зборки клонів Illumina для безкоштовного запуску в Linux онлайн з OnWorks.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
iCAS - система зборки клонів Illumina для роботи в Linux онлайн
Ad
ОПИС
Секвенування клон за клоном, як засіб досягнення високоякісних збірок для великих і складних геномів, продовжує мати велике значення в епоху високопродуктивного секвенування. Однак збірки, отримані з використанням сучасних ассемблерів цілого геному, часто фрагментовані і іноді мають проблеми з повнотою геному через різні характеристики даних, внесені мультиплексованим секвенуванням.З iCAS процес фільтрації даних базується на новому алгоритмі частоти kmer, що забезпечує майже ідеальне зчитування перед збіркою. Контиги генеруються за допомогою різних алгоритмів складання, а потім об’єднуються разом для досягнення більшої безперервності. Повторне вирівнювання всіх зчитування до контигів проекту та повторне калібрування кожної бази послідовності дозволяє досягти остаточного консенсусу. Використовуючи готові клони для контролю якості, конвеєр може отримувати збірки з охопленням клонів 99.7% і консенсусною базовою якістю Q39.
Розроблено в Wellcome Trust Sanger Institute.
Аудиторія
Наука/Дослідження
Мова програмування
Перл, С
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/icas/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
