Це програма для Linux під назвою kallisto, останню версію якої можна завантажити як kallisto_windows-v0.50.0.zip. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою kallisto з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
ЕКРАНИ
Ad
каллісто
ОПИС
kallisto — це програма для майже оптимальної кількісної оцінки кількості транскриптів із даних RNA-Seq, або, ширше, цільових послідовностей за допомогою високопродуктивного секвенування. Він заснований на ідеї використання псевдовирівнювання для швидкого визначення сумісності читань і цілей без необхідності вирівнювання.
Згідно з тестами, проведеними на настільному комп’ютері Mac, kallisto може кількісно оцінити 30 мільйонів людських групових зчитування RNA-seq менш ніж за 3 хвилини лише за допомогою послідовностей зчитування та індексу транскриптому, створення якого само по собі може зайняти більше 10 хвилин. А оскільки він використовує псевдовирівнювання, він стійкий до помилок у зчитуванні та зберігає ключову інформацію, необхідну для кількісної оцінки. Це робить каллісто не тільки швидким, але й високоточним. У багатьох тестах він навіть значно перевершує існуючі інструменти.
Функції
- Використовує псевдовирівнювання
- Швидкий і точний
- Кількісно визначену об’ємну RNA-Seq можна проаналізувати за допомогою розшуку
- Може використовуватися з бустолами для попередньої обробки одноклітинних даних RNA-seq
Мова програмування
C
Категорії
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/kallisto.mirror/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
