Це програма для Linux під назвою RGAAT для роботи в Linux онлайн, останню версію якої можна завантажити як RGAAT.tar.gz. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою RGAAT, щоб безкоштовно запускати в Linux онлайн з OnWorks.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
ЕКРАНИ
Ad
RGAAT для запуску в Linux онлайн
ОПИС
Ця програма може зібрати та/або анотувати геном для нового геному та відомого оновлення геному за допомогою файлу вирівнювання послідовності (формат SAM або BAM), файлу варіанту послідовності (формат VCF або таблиця з п’ятьма кольорами (розділені табуляторами, включаючи хромосому, положення, ідентифікатор, посилання алель та альтернативний алель)) або новий файл послідовності геному (формат FASTA) на основі еталонного файлу послідовності геному (формат FASTA) та файлу анотації (формат TBL, GTF, GFF, GFF3 або BED).Функції
- ідентифікація варіації послідовності
- створення консенсусної послідовності геному
- модифікація геному
- порівняння геному
- анотація геному
- побудова перетворення координат геному між різними версіями складання геному
Аудиторія
Наука/Дослідження
Мова програмування
Perl
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/rgaat/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
