Це програма для Linux під назвою sRNAWorkbench, останню версію якої можна завантажити як UEA_Workbench_4.7_update.zip. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою sRNAWorkbench з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
ЕКРАНИ
Ad
sRNAWorkbench
ОПИС
Набір інструментів для аналізу даних малих РНК (sRNA) із пристроїв секвенування наступного покоління. Включаючи профіль експресії відомої мікроРНК (miRNA), ідентифікацію нової мікроРНК у даних глибокого секвенування та ідентифікацію інших цікавих орієнтирів у високопродуктивних генетичних даних
риси
- Adapter Remover: видаляє фрагменти адаптера з необроблених даних короткої послідовності читання та виводить дані у формат FASTA.
- Фільтр: створює відфільтровану версію набору даних sRNA, що керується кількома визначеними користувачем критеріями, включаючи довжину послідовності, кількість, складність, перенесення та видалення рибосомної РНК.
- miRCat2 (категоризація мікроРНК): прогнозує зрілі мікроРНК та їх попередники з набору даних sRNA та генома.
- SiLoCo (Порівняння локусу коротких інтерферуючих РНК): порівнює рівні експресії сРНК у кількох зразках шляхом групування сРНК у локуси на основі геномного розташування
- ta-siRNA (транс-діюча коротка інтерферуюча РНК): передбачення поетапних ta-siRNA в наборах даних sRNA рослин.
- miRProf (miRNA Profiler): визначає нормалізовані рівні експресії сРНК, що відповідають відомим мікроРНК у miRBase.
- Анотація шпильки: генерує вторинну структуру з послідовності РНК і виділяє цікаві регіони за допомогою RNAplot
- VisSR (візуалізація сРНК): створіть візуальне уявлення сРНК та імпортованих користувачем геномних ознак.
- PARESnip2: Ідентифікуйте мікроРНК-мішені, що підтверджуються через деградом
Аудиторія
Наука/Дослідження
Користувацький інтерфейс
Java Swing
Мова програмування
C++, Java
Категорії
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/srnaworkbench/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
