Це програма для Linux під назвою SuRankCo для роботи в Linux онлайн, останню версію якої можна завантажити як surankco_r5.tar.gz. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою SuRankCo, щоб безкоштовно запускати в Linux онлайн з OnWorks.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
SuRankCo для запуску в Linux онлайн
Ad
ОПИС
SuRankCo — це програмне забезпечення на основі машинного навчання для оцінки та ранжирування контиг із збірок de novo даних секвенування наступного покоління. Він тренується з вирівнюванням контигів з відомими еталонними геномами і прогнозує оцінки та рейтинг для контигів, які ще не мають пов’язаного еталонного генома.Щоб дізнатися більше про SuRankCo та його функціонування, див
"SuRankCo: контрольований рейтинг контигів у нових зборах"
Матіас Курінг, Пьотр Войтек Дабровський, Андреас Нітше та Бернхард Ю. Ренар
(http://www.biomedcentral.com/1471-2105/16/240/abstract)
ЗВЕРНІТЬ УВАГУ, що перед використанням SuRankCo рекомендується прочитати документ і файл readme.txt.
Оновлення червня 2015 року:
* Незначні зміни, щоб увімкнути підтримку BAM.
Оновлення лютого 2014 року:
* Додано підтримку збірок FASTA/SAM на додаток до ACE/FASTQ(QUAL).
ПРИМІТКА: функції збірок FASTA/SAM поки що не включають BaseCount, BaseSeqmentCount та ContigQualities.
Аудиторія
Наука/Дослідження
Користувацький інтерфейс
Командний рядок
Мова програмування
Java, S/R
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/surankco/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.