andi - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

andi - ước tính khoảng cách tiến hóa

SYNOPSIS

andi [-jlv] [-b INT] [-p PHAO NỔI] [-m MÔ HÌNH] [-t INT] CÁC TẬP TINhữu ích. Cảm ơn !

MÔ TẢ

andi ước tính khoảng cách tiến hóa giữa các bộ gen liên quan chặt chẽ. Đối với điều này andi
đọc các trình tự đầu vào từ NHANH CHÓNG và tính toán khoảng cách neo theo cặp. Các
Ý tưởng đằng sau điều này được giải thích trong một bài báo của Haubold et al. (xem bên dưới).

OUTPUT

Đầu ra là một ma trận khoảng cách đối xứng trong PHYLIP định dạng, với mỗi mục đại diện
phân kỳ với một số thực dương. Khoảng cách bằng XNUMX có nghĩa là hai chuỗi là
giống hệt nhau, trong khi các giá trị khác là ước tính cho tốc độ thay thế nucleotide (Jukes-
Cantor sửa). Vì lý do kỹ thuật, việc so sánh có thể không thành công và không thể ước tính được
tính toán. Trong trường hợp này nan được in. Điều này có nghĩa là các trình tự đầu vào đã
quá ngắn (<200bp) hoặc quá đa dạng (K> 0.5) để phương pháp của chúng tôi hoạt động bình thường.

LỰA CHỌN

-NS, --bootstrap
Tính toán nhiều ma trận khoảng cách, với n-1 khởi động từ cái đầu tiên. Xem
paper Klötzl & Haubold (2016, đang xem xét) để có lời giải chi tiết.

-j, --tham gia
Sử dụng chế độ này nếu mỗi NHANH CHÓNG các tệp đại diện cho một tập hợp với nhiều
đường viền. andi sau đó sẽ coi tất cả các trình tự chứa trên mỗi tệp là một
bộ gen. Trong chế độ này, ít nhất một tên tệp phải được cung cấp qua dòng lệnh
tranh luận. Đối với đầu ra, tên tệp được sử dụng để xác định từng trình tự.

-l, --bộ nhớ thấp
Trong chế độ đa luồng, andi yêu cầu bộ nhớ tuyến tính với số lượng luồng. Các
chế độ bộ nhớ thấp thay đổi điều này thành một nhu cầu liên tục độc lập với số đã sử dụng
của chủ đề. Thật không may, điều này đi kèm với một chi phí thời gian chạy đáng kể.

-m, --người mẫu
Các mô hình tiến hóa nucleotide khác nhau được hỗ trợ. Theo mặc định, Jukes-Cantor
hiệu chỉnh được sử dụng.

-p
Ý nghĩa của một cặp neo; mặc định: 0.05.

-t
Số lượng chủ đề sẽ được sử dụng; theo mặc định, tất cả các bộ xử lý có sẵn đều được sử dụng.
Đa luồng chỉ khả dụng nếu andi được biên dịch với sự hỗ trợ của OpenMP.

-v, --dài dòng
In thông tin bổ sung. Áp dụng nhiều lần để thêm chi tiết.

-h, --Cứu giúp
In tóm tắt và giải thích về các tùy chọn có sẵn.

--phiên bản
Kết xuất thông tin phiên bản và xác nhận.

BẢN QUYỀN

Bản quyền © 2014, 2015 Giấy phép Fabian Klötzl GPLv3 +: GNU GPL phiên bản 3 trở lên.
Đây là phần mềm miễn phí: bạn có thể tự do thay đổi và phân phối lại nó. KHÔNG CÓ BẢO HÀNH,
theo như quyền hạn được quy định bởi luật pháp. Toàn bộ văn bản giấy phép có sẵn tại
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.

LỜI CẢM ƠN

1) andi: Haubold, B. Klötzl, F. và Pfaffelhuber, P. (2015). andi: Nhanh chóng và chính xác
ước tính khoảng cách tiến hóa giữa các bộ gen liên quan chặt chẽ
2) Các thuật toán: Ohlebusch, E. (2013). Thuật toán tin sinh học. Phân tích trình tự, bộ gen
Sắp xếp lại và tái tạo phát sinh loài. trang 118f.
3) Xây dựng SA: Mori, Y. (2005). Mô tả ngắn gọn về hậu tố hai giai đoạn được cải tiến
thuật toán sắp xếp. http://homepage3.nifty.com/wpage/software/itssort.txt

Sử dụng andi trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net