Đây là lệnh anfo có thể được chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
anfo - tìm sự liên kết tốt nhất của các bài đọc ngắn với cơ sở dữ liệu
SYNOPSIS
thông tin [ tùy chọn | hồ sơ hữu ích. Cảm ơn ! ]
MÔ TẢ
thông tin căn chỉnh (ngắn) trình tự đọc đến cơ sở dữ liệu (có kích thước gigabase). Nó sử dụng một heuristic
phương pháp gieo hạt, nhưng sau đó áp dụng một bộ định danh chính hãng cho phép khoảng trống, hiểu được thiệt hại
các mẫu trong dna cổ và tạo ra một điểm số dễ hiểu.
Các tệp đầu vào có thể là bất kỳ tệp FastA hoặc FastQ nào khác nhau hoặc một tệp gốc thông tin tập tin nhị phân,
được nén tối ưu bằng cách sử dụng gziporbzip2. Định dạng tệp được tự động nhận dạng và
các định dạng khác có thể được thêm vào.
LỰA CHỌN
-V, - phiên bản
In số phiên bản và thoát.
-o tệp, - tệp đầu ra
Ghi đầu ra vào hồ sơ. hồ sơ sẽ được viết bằng tiếng bản địa thông tin định dạng nhị phân, mà
có thể được vận hành khi sử dụng công cụ anfo hoặc các ràng buộc với bịp bợm.
-c cấu hình, --config cấu hình
Đọc cấu hình từ trộn lẫn. Tệp này định cấu hình các chỉ mục nào được sử dụng và
bằng phần mở rộng mà việc căn chỉnh hệ gen được thực hiện, những thông số nào sẽ sử dụng trong
aligner và có thể thiết lập đường dẫn. Xem tệp ví dụ.
-p num, --threads num
Bắt đầu num chủ đề cho sự liên kết. Một luồng như vậy trên mỗi lõi bộ xử lý thường là
tốt.
-x num, --ixthreads num
Bắt đầu num chủ đề để lập chỉ mục. Lập chỉ mục thường sử dụng ít công suất cpu hơn
căn chỉnh, vì vậy ít bộ chỉ mục hơn bộ điều chỉnh thông thường là tốt nhất.
--solexa-quy mô
Khi đọc các tệp FastQ, hãy sử dụng thang đo Solexa (log-tỷ lệ cược) thay vì
thang đo Phread tiêu chuẩn (xác suất). Nếu bạn sử dụng trình tự Solexa / Illumina,
tham khảo tài liệu của bạn cho dù bạn cần cái này. Nếu không, bạn không.
--fastq-gốc ori
Đặt điểm gốc cho giải mã FastQ thành ori. Tiêu chuẩn và mặc định là 33, nhưng nó phải
được đặt thành 64 cho một số phiên bản của phần mềm Solexa / Illumina. Nếu bạn dùng
Bộ trình tự Solexa / Illumina, hãy tham khảo tài liệu của bạn xem bạn có cần cái này không.
Nếu không, bạn không.
-q, --quiet
Ngăn chặn tất cả các đầu ra ngoại trừ các lỗi nghiêm trọng.
-v, --verbose
In chỉ báo tiến trình trong quá trình hoạt động.
MÔI TRƯỜNG
ANFO_PATH
Danh sách các thư mục được phân tách bằng dấu hai chấm đã tìm kiếm các tệp bộ gen và chỉ mục.
Sử dụng anfo trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
