asn2ff - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

asn2ff - chuyển đổi dữ liệu sinh học ASN.1 sang định dạng phẳng (phiên bản cũ)

SYNOPSIS

asn2ff [-] [-A X] [-B X] [-C] [-G] [-L F] [-M] [-R] [-V F] [-a tên tập tin] [-b] [-d] [-e]
[-f b / p / e / s / x / z] [-g] [-h F] [-k F] [-l tên tập tin] [-m r / d / s / c / k / l / e / p] [-n F]
[-o tên tập tin] [-p F] [-q] [-r tên tập tin] [-s] [-t] [-v F] [-w] [-y] [-z]

MÔ TẢ

asn2ff chuyển đổi các mô tả về trình tự sinh học từ định dạng ASN.1 của NCBI sang một trong những
một số định dạng tệp phẳng. Chương trình này được xây dựng dựa trên một giao diện không còn được dùng nữa; xin vui lòng
sử dụng asn2gb(1) thay thế.

LỰA CHỌN

Dưới đây là một bản tóm tắt các tùy chọn.

- In tin nhắn sử dụng

-A X Hiển thị khu vực bắt đầu tại X (mặc định là 0)

-B X Hiển thị khu vực kết thúc lúc X (mặc định là vị trí cuối cùng)

-C Hiển thị nhận xét về Bankit

-G Đầu ra là một bioseq hàng đầu chỉ trong chế độ xem bộ gen

-L F Sử dụng định dạng dòng LOCUS cũ (trước Genbank 127.0)

-M Đầu ra chỉ là bản đồ bioseqs

-R Đối với phát hành GenBank

-V F Không sử dụng VERSION

-a tên tập tin
Tên tệp cho đầu vào ASN.1 (mặc định là stdin)

-b Nhập asnfile ở chế độ nhị phân

-d Sử dụng lập chỉ mục SeqMgr

-e Đầu vào là một Seq-entry

-f b / p / e / s / x / z
Định dạng đầu ra:
b GenBank (mặc định)
p GenPept
và EMBL
giả EMBL
x Ngân hàng genChọn
z EMBLPEPT

-g Hiển thị số gi

-h F Ẩn trình tự

-k F Không sử dụng các bộ phức tạp (phy-set, mut-set, pop-set)

-l tên tập tin
Ghi lỗi vào tên tập tin

-m r / d / s / c / k / l / e / p
Chế độ đầu ra:
r phát hành (mặc định)
d đổ
sequin
c Sắc ký
k dir-sub-gỡ lỗi
l thư mục phụ
e sửa lại
p báo cáo một phần

-n F Gen_binding nghiêm ngặt

-o tên tập tin
Tên tệp đầu ra (mặc định là stdout)

-p F Bỏ qua các đặc điểm gen mới

-q Đầu ra chỉ là một bioseq hàng đầu

-r tên tập tin
Lỗi đầu ra logfile (mặc định là stderr)

-s Đầu vào là Seq-submit

-t Hiển thị văn bản tin nhắn dài

-v F Loại bỏ thông báo lỗi

-w Sử dụng định dạng đầu ra HTML

-y Chỉ in định dạng trợ giúp

-z Thuật toán mới cho các tổ chức

Sử dụng asn2ff trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net