bp_indexp - Trực tuyến trên Đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

bp_index.pl - lập chỉ mục các tệp để bp_fetch.pl sử dụng

SYNOPSIS

bp_index.pl index_name file1 file2, v.v.

MÔ TẢ

bp_index.pl xây dựng chỉ mục bioperl cho các tệp trình tự được cung cấp trong danh sách đối số,
dưới tên chỉ mục. Ví dụ

bp_index.pl nrdb /data/nrdb/nrdb.fasta

sẽ xây dựng một chỉ mục có tên 'nrdb' làm tên chỉ mục cho tệp nrdb.fasta và

bp_index.pl -fmt EMBL thụy sĩ /data/swiss/*.dat

sẽ xây dựng một chỉ mục có tên là swiss cho tất cả các tệp trong / data / swiss kết thúc bằng .dat mà
có định dạng EMBL.

Các chỉ mục được xây dựng bằng cách sử dụng các mô-đun Bio / Index / *, cụ thể là Bio :: Index :: EMBL và
các mô-đun Bio :: Index :: Fasta. Bất kỳ tập lệnh nào sử dụng các mô-đun này đều có thể sử dụng chỉ mục. MỘT
tập lệnh ví dụ hay là bp_fetch tìm nạp các chuỗi và chuyển chúng tới STDOUT, cho
ví dụ

bp_fetch swiss: ROA1_HUMAN

lấy chuỗi ROA1_HUMAN từ chỉ mục thụy sĩ và viết nó dưới dạng fasta trên STDOUT.

LỰA CHỌN

-fmt - Fasta (mặc định), Thụy Sĩ hoặc EMBL
-dir - thư mục nơi các tệp chỉ mục được tìm thấy
(ghi đè biến môi trường BIOPERL_INDEX)

Các tùy chọn để chuyên gia sử dụng

-kiểu - Kiểu tệp tin DBM.
(ghi đè biến môi trường BIOPERL_INDEX_TYPE)
-v - báo cáo mọi bổ sung chỉ mục (gỡ lỗi)

MÔI TRƯỜNG

bp_index và bp_fetch tọa độ nơi cơ sở dữ liệu nằm bằng cách sử dụng biến môi trường
BIOPERL_INDEX. Điều này có thể được ghi đè bằng cách sử dụng tùy chọn -dir. Không có giá trị mặc định, vì vậy
bạn phải sử dụng tùy chọn -dir hoặc đặt BIOPERL_INDEX.

Loại DB được phối hợp với BIOPERL_INDEX_TYPE mà nếu không có ở đó, thì mặc định là
bất cứ thứ gì mà các mô-đun bioperl đã cài đặt, bản thân nó được mặc định là SDBM_File.

SỬ DỤNG IT BẢN THÂN BẠN

bp_index.pl là một tập lệnh điều khiển các mô-đun Chỉ mục. Nếu bạn muốn sử dụng tập lệnh này
rất nhiều trong công việc của bạn, nếu nó dựa trên Perl, thì gần như chắc chắn tốt hơn là xem xét
mã trong tập lệnh này và sao chép nó qua (có thể bạn sẽ có nhiều khả năng muốn sử dụng
mã bp_fetch).

MỞ RỘNG IT

bp_index chỉ là một trình bao bọc xung quanh các mô-đun Chỉ mục xuất sắc của James Gilbert được tìm thấy trong bioperl

PHẢN HỒI

Mailing Chức năng
Phản hồi của người dùng là một phần không thể thiếu trong quá trình phát triển của mô-đun này và các mô-đun Bioperl khác. Gửi
các nhận xét và đề xuất của bạn tốt hơn vào danh sách gửi thư Bioperl. Sự tham gia của bạn
được nhiều đánh giá cao.

[email được bảo vệ] - Thảo luận chung
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - Giới thiệu về danh sách gửi thư

Báo cáo Lỗi
Báo cáo lỗi cho hệ thống theo dõi lỗi Bioperl để giúp chúng tôi theo dõi các lỗi và
nghị quyết. Báo cáo lỗi có thể được gửi qua web:

https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues

TÁC GIẢ - Ewan bạch dương

Ewan Birney[email được bảo vệ]>

Sử dụng bp_indexp trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net