Đây là lệnh bp_revtrans-motifp có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình mô phỏng trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
bp_revtrans-motif - Dịch ngược mô típ protein giống Profam
PHIÊN BẢN
Phiên bản 0.01
SYNOPSIS
Từ một tập tin:
bp_revtrans-motif.pl -i họa tiết.txt
Sử dụng đường ống:
bp_revtrans-motif.pl < họa tiết.txt > đầu ra.txt
Sử dụng tương tác tại dấu nhắc lệnh:
$ bp_revtrans-motif.pl
MAAEEL[VIKP]
1. ATGGCNGCNGARGARYTNVHN
[^P]H(IW){2,3}
2. NDNCAY(ATHTGG){2,3}
MÔ TẢ
Tập lệnh này lấy mô-đun protein làm đầu vào và trả về một oligonucleotide thoái hóa
trình tự tương ứng với nó. Lý do chính để làm điều này là để thiết kế suy biến
mồi khuếch đại một mẫu trình tự nhất định.
Mô típ đầu vào bao gồm một chuỗi các phần dư một chữ cái, với bất kỳ ký tự nào sau đây
yếu tố cú pháp:
[...] : Vị trí dư thừa.
Vị trí cho phép có nhiều hơn một dư lượng. Ví dụ:
[TS]YW[RKSD]
^^ ^^ ^^
[^...] : Vị trí phủ định.
Vị trí trong đó bất kỳ phần dư nào được cho phép, được lưu cho những vị trí nằm giữa dấu ngoặc. Ví dụ:
[^PW]MK[LAE]
^^
(...){n,m,...} : Mô típ lặp đi lặp lại.
Motif được lặp đi lặp lại n or m lần. Nó có thể có bất kỳ cú pháp nào trước đó
các phần tử. Ví dụ:
A[SN]C(TXX){2,4,8}
^ ^
Các chữ cái được phép là những chữ cái tương ứng với 20 axit amin tự nhiên, cộng thêm:
B = N + D
Z = Q + E
X = Tất cả
LỰA CHỌN
-i tập tin đầu vào:
Một tập tin có danh sách các họa tiết để dịch ngược.
-h
Hiển thị thông báo trợ giúp này.
Sử dụng bp_revtrans-motifp trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net