bp_unflatten_seqp - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

bp_unflatten_seq - làm phẳng tệp tính năng kiểu genbank hoặc genbank thành một tệp lồng nhau
Phân cấp SeqFeature

SYNOPSIS

bp_unflatten_seq.PLS -e 3 -gff ~/cvs/bioperl-live/t/data/AE003644_Adh-genomic.gb

bp_unflatten_seq.PLS --chi tiết ~/cvs/bioperl-live/t/data/AE003644_Adh-genomic.gb

bp_unflatten_seq.PLS -i foo.embl --from embl --to chadoxml -o out.chado.xml

bp_unflatten_seq.PLS --notypemap --detail --to asciitree -ethresh 2 AE003644_Adh-genomic.gb

MÔ TẢ

Kịch bản này sẽ làm phẳng một tệp genbank hoặc kiểu genbank của SeqFeatures vào một tập tin lồng nhau
hệ thống cấp bậc.

Xem Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener

Trong biểu diễn GenBank/EMBL, các tính năng là 'phẳng' - ví dụ: không có liên kết
giữa mRNA và CDS, ngoại trừ các liên kết ngầm (ví dụ: thông qua thẻ hoặc qua trang nối
tọa độ) có thể khó mã hóa.

Điều này được minh họa dễ dàng nhất bằng định dạng đầu ra mặc định, cây asciitree

Một bộ tính năng genbank chưa được làm phẳng có thể trông như thế này (AB077698)

Thứ tự: AB077698
ngân hàng dữ liệu_entry 1..2701[+]
gen
mRNA
CDS hCHCR-G 80..1144+]
exon 80..1144[+]
five_prime_UTR 1..79[+]
định vị_sequence_feature 137..196[+]
định vị_sequence_feature 239..292[+]
định vị_sequence_feature 617..676[+]
định vị_sequence_feature 725..778[+]
ba_prime_UTR 1145..2659[+]
polyA_site 1606..1606[+]
polyA_site 2660..2660[+]

Hoặc như thế này (phần AE003734)

gen
mARN CG3320-RA
CDS CG3320-PA 53126..54971[-]
exon 52204..53323[-]
exon 53404..53631[-]
exon 53688..53735[-]
exon 53798..53918[-]
exon 54949..55287[-]
mARN CG3320-RB
CDS CG3320-PB 53383..54971[-]
exon 52204..53631[-]
exon 53688..53735[-]
exon 53798..53918[-]
exon 54949..55287[-]

Việc làm phẳng cũng sẽ 'bình thường hóa' hệ thống phân cấp ngăn chặn (theo nghĩa
chuẩn hóa nó - ví dụ như đảm bảo luôn có bản ghi bảng điểm, ngay cả khi ngân hàng gen
chỉ xác định CDS và gen)

Theo mặc định, các loại GenBank sẽ được ánh xạ tới các loại SO

Xem Bio::SeqFeature::Tools::TypeMapper

COMMAND ĐƯỜNG DÂY TRANH LUẬN

-i|tập tin đầu vào
tệp đầu vào (cũng có thể được chỉ định làm đối số cuối cùng)

-từ ĐỊNH DẠNG
định dạng đầu vào (mặc định là genbank)

có lẽ không có nhiều ý nghĩa khi sử dụng điều này cho các định dạng không phẳng; tức là khác với
embl/genbank

-đến ĐỊNH DẠNG
định dạng đầu ra (mặc định là asciitree)

thực sự phải là một định dạng được nhận biết SeqFeature lồng nhau; Tôi nghĩ đây chỉ là
asciitree, chadoxml và gff3

-gff
với việc xuất sang định dạng GFF3 (GFF trước 3 không có ý nghĩa gì với các chuỗi không bị làm phẳng, như
họ không có cách nào để biểu diễn đồ thị đặc trưng)

-o|TẬP TIN đầu ra
outfile mặc định là STDOUT

-chi tiết
hiển thị thêm chi tiết về các tính năng (chỉ chế độ asciitree)

-e|ethresh INT
đặt ngưỡng lỗi khi làm phẳng

theo mặc định, tập lệnh này sẽ gặp sự cố nếu gặp phải những thứ kỳ lạ trong ngân hàng gen
tập tin - nâng ngưỡng lỗi để báo hiệu những lỗi này bị bỏ qua (và được báo cáo về
STDERR)

-nomagic
ngăn chặn use_magic trong quá trình làm phẳng (xem Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener

-notypemap
ngăn chặn ánh xạ loại (xem Bio::SeqFeature::Tools::TypeMapper

ALL

Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener cho phép kiểm soát chi tiết quá trình không làm phẳng
quá trình - cần thêm nhiều tùy chọn hơn để cho phép điều khiển này ở dòng lệnh

PHẢN HỒI

Mailing Chức năng
Phản hồi của người dùng là một phần không thể thiếu trong quá trình phát triển của mô-đun này và các mô-đun Bioperl khác. Gửi
các nhận xét và đề xuất của bạn tốt hơn vào danh sách gửi thư Bioperl. Sự tham gia của bạn
được nhiều đánh giá cao.

[email được bảo vệ] - Thảo luận chung
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - Giới thiệu về danh sách gửi thư

Báo cáo Lỗi
Báo cáo lỗi cho hệ thống theo dõi lỗi Bioperl để giúp chúng tôi theo dõi các lỗi và
nghị quyết. Báo cáo lỗi có thể được gửi qua email hoặc web:

https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues

Sử dụng bp_unflatten_seqp trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net